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- PDB-1yb3: Conserved hypothetical protein Pfu-178653-001 from Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yb3
タイトルConserved hypothetical protein Pfu-178653-001 from Pyrococcus furiosus
要素hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein Structure Initiative / PSI / conserved hypothetical protein / Pyrococcus furiosus / hyperthermophile / SECSG / The Southeast Collaboratory for Structural Genomics
機能・相同性Protein of unknown function DUF3201 / Protein of unknown function (DUF3201) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF3201 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. ...Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Conserved hypothetical protein Pfu-178653-001 from Pyrococcus furiosus
著者: Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney ...著者: Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Zhao, M. / Xu, H. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Horanyi, P. / Florence, Q. / Tempel, W. / Lin, D. / Zhang, H. / Praissman, J. / Jenney Jr., F.E. / Adams, M.W.W. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2004年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0192
ポリマ－21,0191
非ポリマー01
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypothetical protein

A: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0384
ポリマ－42,0382
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.134, 44.388, 55.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 21019.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U4C0
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 3.6
詳細: 12% w/v PEG 4000, 0.2M sodium chloride, 0.2M magnesium chloride, 0.1M sodium citrate, pH 3.6, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 26254 / % possible obs: 84.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.337
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.660.21810661.013134.6
1.66-1.720.215951.132151.6
1.72-1.80.19523560.915177.3
1.8-1.90.16529251.026195
1.9-2.020.12830221.157197.6
2.02-2.170.08530071.308197.9
2.17-2.390.06730311.5198
2.39-2.740.05830491.54198.3
2.74-3.450.04930741.822198.4
3.45-500.04231291.231198.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.4 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / 反射: 9009
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.22-200.42470
5.33-8.220.44764
4.21-5.330.4968
3.59-4.210.441125
3.18-3.590.451254
2.88-3.180.411367
2.66-2.880.381487
2.48-2.660.281574

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
反復単波長異常分散位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.6→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.217 / SU B: 1.663 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 1312 4.997 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
all0.205 ---
obs0.20521 26254 84.792 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.491 Å20 Å2-0.15 Å2
2--0.988 Å20 Å2
3---0.359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1392 0 1 102 1495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9541974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.315165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.9832588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03415258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.644157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3732873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0431352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4372690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6373622
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.6390.324390.282718227633.26
1.639-1.6840.326440.283910220943.187
1.684-1.7330.308590.2861223216759.16
1.733-1.7860.337780.2721536208977.262
1.786-1.8450.29890.2571774202791.909
1.845-1.9090.284860.2221811195796.934
1.909-1.9810.231950.2161746188897.511
1.981-2.0620.27860.2011703183297.653
2.062-2.1540.218920.1961632176197.899
2.154-2.2590.245910.1961555167798.151
2.259-2.380.237720.2021498160198.064
2.38-2.5240.236690.2121407150398.204
2.524-2.6980.264670.2231335142798.248
2.698-2.9140.227720.221236133198.272
2.914-3.1910.216670.2051150123498.622
3.191-3.5650.205480.1911038110198.638
3.565-4.1130.185540.18192199298.286
4.113-5.0280.174480.15678684898.349
5.028-7.0730.263340.20762065699.695
7.073-48.450.24220.21734338794.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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