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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yb2
タイトルStructure of a putative methyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
要素hypothetical protein Ta0852
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / methyltransferase / Thermoplasma acidophilum / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / tRNA methylation
類似検索 - 分子機能
FKBP-like, N-terminal domain / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...FKBP-like, N-terminal domain / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase catalytic subunit TRM61 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative methyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).AUTHORS STATE THAT THE BIOMOLECULE IS A STRUCTURE-BASED HYPOTHESIS AND NOT EXPERIMENTALLY VERIFIED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Ta0852


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1951
ポリマ－31,1951
非ポリマー00
水2,378132
1
A: hypothetical protein Ta0852

A: hypothetical protein Ta0852


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3902
ポリマ－62,3902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.316, 60.557, 65.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-276-

HOH

詳細likely a dimer, generated by the two fold axis: -x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Ta0852


分子量: 31194.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: Ta0852 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HJW1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium formate, PEG 3350, sucrose, glycerol, isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.7 Å / Num. all: 18240 / Num. obs: 18240 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→27.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.357 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.169
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24718 930 5.1 %RANDOM
Rwork0.19907 ---
all0.20149 17309 --
obs0.20149 17309 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.386 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20.28 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→27.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 0 132 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9662448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7425226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16323.97478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86715323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3321511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3471.51178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52621836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8033727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8814.5612
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 62 -
Rwork0.24 1151 -
obs--88.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.2643 Å / Origin y: 15.198 Å / Origin z: 19.5072 Å
111213212223313233
T-0.088 Å20.0097 Å2-0.0032 Å2--0.0987 Å20.0155 Å2---0.0524 Å2
L0.5976 °20.1439 °2-0.4799 °2-0.4827 °2-0.3218 °2--2.9186 °2
S-0.0004 Å °0.0311 Å °-0.0067 Å °-0.0643 Å °0.0106 Å °0.0283 Å °-0.1605 Å °-0.1055 Å °-0.0101 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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