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- PDB-1yaj: Crystal Structure of Human Liver Carboxylesterase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yaj
タイトルCrystal Structure of Human Liver Carboxylesterase in complex with benzil
要素CES1 protein
キーワードHYDROLASE / Carboxylesterase / Benzil / Inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / cellular response to cholesterol / reverse cholesterol transport / positive regulation of cholesterol metabolic process / Phase I - Functionalization of compounds / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol biosynthetic process / Aspirin ADME / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of cholesterol efflux / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cholesterol metabolic process / lipid catabolic process / epithelial cell differentiation / lipid droplet / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...: / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Liver carboxylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fleming, C.D. / Bencharit, S. / Edwards, C.C. / Hyatt, J.L. / Morton, C.M. / Howard-Williams, E.L. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural insights into drug processing by human carboxylesterase 1: tamoxifen, mevastatin, and inhibition by benzil.
著者: Fleming, C.D. / Bencharit, S. / Edwards, C.C. / Hyatt, J.L. / Tsurkan, L. / Bai, F. / Fraga, C. / Morton, C.L. / Howard-Williams, E.L. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2004年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CES1 protein
B: CES1 protein
C: CES1 protein
D: CES1 protein
E: CES1 protein
F: CES1 protein
G: CES1 protein
H: CES1 protein
I: CES1 protein
J: CES1 protein
K: CES1 protein
L: CES1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)715,66984
ポリマ－704,06712
非ポリマー11,60272
水8,539474
1
A: CES1 protein
B: CES1 protein
C: CES1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,91721
ポリマ－176,0173
非ポリマー2,90118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area58820 Å2
手法PISA
2
D: CES1 protein
E: CES1 protein
F: CES1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,91721
ポリマ－176,0173
非ポリマー2,90118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area58620 Å2
手法PISA
3
G: CES1 protein
H: CES1 protein
I: CES1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,91721
ポリマ－176,0173
非ポリマー2,90118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area59090 Å2
手法PISA
4
J: CES1 protein
K: CES1 protein
L: CES1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,91721
ポリマ－176,0173
非ポリマー2,90118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area59050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.560, 181.493, 202.712
Angle α, β, γ (deg.)90.1195, 89.9291, 89.7185
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
CES1 protein


分子量: 58672.227 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P23141, carboxylesterase

-
糖 , 2種, 24分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 522分子

#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, Sodium Chloride, Lithium Chloride, Lithium Sulfate, Citrate, Glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.022 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.022 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 124749 / Num. obs: 124749 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MX5

1mx5


解像度: 3.2→54.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2488896.98 / Data cutoff high rms absF: 2488896.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 8767 7 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 ---
obs0.207 124749 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.9222 Å2 / ksol: 0.372895 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.78 Å20.91 Å23.16 Å2
2---8.19 Å22.47 Å2
3----6.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→54.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49566 0 753 474 50793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.219
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.47
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 1392 6.7 %
Rwork0.284 19288 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5COV.PARCOV.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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