+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y9f | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the A-DNA GCGTAT*CGC with a 2'-O-allyl Thymidine (T*) | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / O2'-modification / decamer | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharan, M. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 | タイトル: Probing the Influence of Stereoelectronic Effects on the Biophysical Properties of Oligonucleotides: Comprehensive Analysis of the RNA Affinity, Nuclease Resistance, and Crystal ...タイトル: Probing the Influence of Stereoelectronic Effects on the Biophysical Properties of Oligonucleotides: Comprehensive Analysis of the RNA Affinity, Nuclease Resistance, and Crystal Structure of Ten 2'-O-Ribonucleic Acid Modifications. 著者: Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharan, M. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y9f.cif.gz | 24 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1y9f.ent.gz | 15.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y9f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Chains A and B form duplex |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3101.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10%MPD, 40mM Na-Cacodilate, 12 mM Spermine, 80mM KCL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月17日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→35 Å / Num. all: 6760 / Num. obs: 6760 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 549 / % possible all: 77.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 410D 解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: Conjugate gradient refinement using maximum likelihood target for amplitudes
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å
|