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- PDB-1y9a: Alcohol Dehydrogenase from Entamoeba histolotica in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y9a
タイトルAlcohol Dehydrogenase from Entamoeba histolotica in complex with cacodylate
要素NADP-dependent alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Metal-binding / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Shimon, L.J. / Peretz, M. / Goihberg, E. / Burstein, Y. / Frolow, F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of alcohol dehydrogenase from Entamoeba histolytica.
著者: Shimon, L.J. / Goihberg, E. / Peretz, M. / Burstein, Y. / Frolow, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Thermophilic alcohol dehydrogenase from the mesophile Entamoeba histolytica: crystallization and preliminary
著者: Shimon, L.J.W. / Peretz, M. / Goihberg, E. / Burstein, Y. / Frolow, F.
履歴
登録2004年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
C: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,40817
ポリマ－77,3952
非ポリマー1,01315
水13,583754
1
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
C: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
C: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,81634
ポリマ－154,7914
非ポリマー2,02530
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area18690 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area46270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.891, 234.139, 96.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2002-

ZN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 NADP-dependent alcohol dehydrogenase


分子量: 38697.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: ADH1 / プラスミド: bs-p58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-I / 参照: UniProt: P35630, alcohol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 769分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000 14%w/v, 300 mM Mg Acetate, 200mM cacodylate at pH 6.5, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 74221 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.830.486196.3
1.83-1.860.386196.8
1.86-1.90.335196.5
1.9-1.940.287196
1.94-1.980.24195.8
1.98-2.030.182195.7
2.03-2.080.165195.2
2.08-2.130.136195
2.13-2.20.12194.1
2.2-2.270.105193.7
2.27-2.350.092193.4
2.35-2.440.083192.7
2.44-2.550.074192.2
2.55-2.690.072192.5
2.69-2.860.056192.1
2.86-3.070.049191.8
3.07-3.380.043191.3
3.38-3.870.034189.9
3.87-4.860.028188.1
4.86-200.029182.1

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.477 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.444
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.95 Å
Translation3 Å19.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→117.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.781 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17707 3722 5 %RANDOM
Rwork0.12625 ---
obs0.12885 70422 92.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å20 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→117.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5418 0 44 754 6216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.9747493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.868312105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7875718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61224.434212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.44115967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8671526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.25467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2810.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3320.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3040.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other0.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.78934510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.22631506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.46755668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73172281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.108101825
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.212312609
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.6893756
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.916310661
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 248 -
Rwork0.157 5252 -
obs--93.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24410.03180.0370.13740.02650.4-0.0004-0.0855-0.05110.01490.02940.02950.0802-0.0232-0.0290.0427-0.00550.0019-0.02020.0305-0.0383-7.23772.33743.887
20.44410.0220.06940.0649-0.01480.1061-0.0057-0.01890.122-0.00310.0261-0.02170.01610.0284-0.0204-0.00710.0023-0.0036-0.0447-0.02820.025220.34399.12329.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3601 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2CB1 - 3601 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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