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- PDB-1y80: Structure of a corrinoid (factor IIIm)-binding protein from Moore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y80
タイトルStructure of a corrinoid (factor IIIm)-binding protein from Moorella thermoacetica
要素Predicted cobalamin binding protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / corrinoid / factor IIIm / methyl transferase / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methanogenesis / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / cobalt ion binding / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase cognate corrinoid protein / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily ...Methyltransferase cognate corrinoid protein / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / : / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CO-5-METHOXYBENZIMIDAZOLYLCOBAMIDE / : / 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Z.-J. / Fu, Z.-Q. / Tempel, W. / Das, A. / Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. ...Liu, Z.-J. / Fu, Z.-Q. / Tempel, W. / Das, A. / Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Ljungdahl, L. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of a corrinoid (factor IIIm)-binding protein from Moorella thermoacetica
著者: Liu, Z.-J. / Fu, Z.-Q. / Tempel, W. / Das, A. / Habel, J. / Zhou, W. / Chang, J. / Chen, L. / Lee, D. / Nguyen, D. / Chang, S.-H. / Ljungdahl, L. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2004年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年3月19日Group: Non-polymer description / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / Item: _chem_comp.formula
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted cobalamin binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6787
ポリマ－22,3471
非ポリマー1,3316
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.689, 62.738, 34.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 Predicted cobalamin binding protein / corrinoid (factor IIIm)-binding protein


分子量: 22346.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: GenBank: 49235916, UniProt: Q2RJ67*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-B1M / CO-5-METHOXYBENZIMIDAZOLYLCOBAMIDE / FACTOR IIIM


分子量: 1331.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H86CoN13O15P
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 6.7
詳細: 0.1M Sodium HEPES, 1.6M ammonium sulfate, 30% 1,6-hexanediol, pH 6.7, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 13939 / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.660.216138.6
1.66-1.720.195160.3
1.72-1.80.165189.1
1.8-1.90.137192.3
1.9-2.020.114193.4
2.02-2.170.094194.2
2.17-2.390.087187.8
2.39-2.740.08196.2
2.74-3.450.072197.4
3.45-500.064189.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.15 Å / D res low: 62.652 Å / FOM : 0.29 / 反射: 6706
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.82-62.6520.33348
4.91-7.820.38581
3.83-4.910.37730
3.24-3.830.37837
2.86-3.240.31875
2.59-2.860.291024
2.38-2.590.241124
2.22-2.380.171187
Phasing dmFOM : 0.56 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.48 / 反射: 6706 / Reflection acentric: 5548 / Reflection centric: 1158
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.1-41.5510.850.850.63338197141
3.8-6.10.770.820.63939705234
3.1-3.80.720.750.581141929212
2.7-3.10.580.60.461068906162
2.3-2.70.460.480.3419961732264
2.2-2.30.340.350.2512241079145

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.02位相決定
RESOLVE2.02位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.945 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2101 528 4.2 %RANDOM
Rwork0.17425 ---
obs0.1757 12184 91.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数909 0 96 72 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9542.121422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75332290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9295124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.3226.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.93815170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.964152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8612674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4662261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2993989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0772456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0293433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 34 -
Rwork0.214 719 -
obs--73.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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