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万見
- PDB-1y7r: 1.7 A Crystal Structure of Protein of Unknown Function SA2161 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7r
タイトル1.7 A Crystal Structure of Protein of Unknown Function SA2161 from Meticillin-Resistant Staphylococcus aureus, Probable Acetyltransferase
要素hypothetical protein SA2161
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Protein structure initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
: / Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-acetyltransferase domain-containing protein / GCN5-related N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Qiu, Y. / Zhang, R. / Collart, F. / Holzle, D. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.7A Crystal Structure of Hypothetical Protein SA2161 from Meticillin-Resistant Staphylococcus aureus
著者: Qiu, Y. / Zhang, R. / Collart, F. / Holzle, D. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2004年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein SA2161
B: hypothetical protein SA2161
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,01510
ポリマ－30,2552
非ポリマー7608
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.168, 44.171, 71.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein SA2161


分子量: 15127.442 Da / 分子数: 2 / 変異: S72L, D79A, A115V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pMGSC7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99RQ6, UniProt: A0A0H3JSZ8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948, 0.97959
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月1日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
20.979591
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 25932 / Num. obs: 25772 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.419 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21852 1340 5.2 %RANDOM
Rwork0.17165 ---
all0.17419 25932 --
obs0.17419 24432 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å21.01 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2070 0 40 246 2356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6252.0022914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1365264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.26124.14682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63515376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.713158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3480.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6351.51347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67622138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.263910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3834.5776
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 89 -
Rwork0.173 1776 -
obs--98.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4235 Å / Origin y: 15.5235 Å / Origin z: 54.3812 Å
111213212223313233
T-0.009 Å2-0.0001 Å20.0002 Å2--0.0175 Å20.0002 Å2---0.0094 Å2
L0.2599 °2-0.006 °2-0.1463 °2-0.1049 °20.0048 °2--0.3273 °2
S0.0058 Å °0.0035 Å °-0.0029 Å °-0.0069 Å °-0.0069 Å °0.0072 Å °-0.0131 Å °-0.0054 Å °0.0011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B509 - 632
2X-RAY DIFFRACTION1A507 - 628
3X-RAY DIFFRACTION1B501 - 508
4X-RAY DIFFRACTION1A503 - 506
5X-RAY DIFFRACTION1B1 - 133
6X-RAY DIFFRACTION1A1 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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