PDB-1y7o: The structure of Streptococcus pneumoniae A153P ClpP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y7o

タイトル

The structure of Streptococcus pneumoniae A153P ClpP

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Gribun, A. / Ching, R. / Sprangers, R. / Fiebig, K.M. / Houry, W.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The ClpP double ring tetradecameric protease exhibits plastic ring-ring interactions, and the N termini of its subunits form flexible loops that are essential for ClpXP and ClpAP complex formation.
著者: Gribun, A. / Kimber, M.S. / Ching, R. / Sprangers, R. / Fiebig, K.M. / Houry, W.A.

履歴

登録	2004年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.7	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y7o.cif.gz	252.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y7o.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y7o_validation.pdf.gz	510.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y7o_full_validation.pdf.gz	532.2 KB	表示
XML形式データ	1y7o_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	1y7o_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tyfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f6i-1 5g1q-1 4jct-1 3hln-2 3q7h-d 3qwd-1 3hln-1 4emm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

170 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
341 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.650, 105.650, 236.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The second heptameric ring is generated by the two fold axis: y, x, -z

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 24280.586 Da / 分子数: 7 / 断片: caseinolytic protease / 変異: A140P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: clpP / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: P63788, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.451 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: PEG 400, Calcium acetate, cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9675,0.9950

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月5日

放射

モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9675	1
2	0.995	1

反射

解像度: 2.5→29.5 Å / Num. all: 47508 / Num. obs: 47508 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.239 / % possible all: 71.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNX	2000.1	位相決定
CNX	2000.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散,

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TYF

1tyf

解像度: 2.51→29.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 11.554 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.742 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24814	4680	9.9 %	RANDOM
R_work	0.18598	-	-	-
obs	0.19222	42825	88.99 %	-
all	-	47508	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.44 Å	0.36 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.54 Å	0.49 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9449	0	8	144	9601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.302	1.963	12929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	3	20560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.533	5	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	10101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5767
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	6093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.132	2	9807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.574	3	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.657	4.5	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.505→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	159
R_work	0.273	2569

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1928	-0.0076	0.0411	0.5315	0.0721	0.6815	0.005	-0.0072	-0.0018	-0.0291	0.0344	-0.017	0.0416	-0.0165	-0.0394	0.0232	-0.0159	-0.0086	0.0692	0.014	0.0517	-3.6439	41.6554	6.7438
2	0.5519	-0.1583	0.1459	0.6244	0.0948	0.3992	0.0031	0.003	-0.0063	-0.0085	0.0207	-0.0159	0.0429	0.0311	-0.0238	0.0273	-0.0087	0.0005	0.0614	0.0104	0.0456	12.5393	35.4172	26.4783
3	0.7129	0.0114	0.1229	0.2583	-0.0736	0.1906	0.0039	-0.0139	0.0097	-0.0171	0.0018	-0.0108	-0.0282	0.0098	-0.0058	0.0385	0.0017	0.0015	0.0631	0.0068	0.0472	31.727	49.7437	36.791
4	0.8668	0.1383	-0.0881	0.5494	-0.2862	0.2512	0.0128	0.0411	0.0117	0.011	-0.0407	-0.0132	-0.0627	0.0123	0.0279	0.0621	0.0021	-0.0182	0.0342	-0.0114	0.0366	39.0174	74.5376	31.5487
5	0.7323	0.1016	0.0331	0.3802	-0.3636	0.6986	-0.025	0.0142	0.0389	-0.0322	-0.0339	0.0264	-0.0362	0.0023	0.0589	0.0788	0.0219	-0.0229	0.0063	-0.0037	0.0433	30.7284	91.0699	12.8125
6	0.2691	0.1918	0.1243	0.6232	-0.1141	0.7552	-0.0195	0.0254	-0.0015	0.0176	0.0141	0.005	-0.0124	-0.005	0.0053	0.0502	0.0249	-0.0028	0.0292	0.0087	0.0535	11.48	86.3664	-4.8751
7	0.2197	0.2754	-0.0169	0.8229	0.0807	0.6387	-0.06	-0.0042	0.0042	-0.0368	0.0331	-0.0121	0.0403	-0.0116	0.0269	0.0203	0.0067	-0.0032	0.0597	0.0161	0.051	-4.0515	64.878	-6.4731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 193	22 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 194	21 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 195	21 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 194	21 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E - D	1 - 194	21 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F - E	1 - 195	21 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G - F	2 - 194	22 - 214

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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