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万見
- PDB-1y7k: NMR structure family of Human Agouti Signalling Protein (80-132: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y7k
タイトルNMR structure family of Human Agouti Signalling Protein (80-132: Q115Y, S124Y)
要素Agouti Signaling Protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Melanocortin / inhibitor / cystine knot / GPCR / endogenous antagonist / inverse agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / adult feeding behavior / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanosome transport / melanin biosynthetic process / melanosome organization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / neuropeptide hormone activity ...melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / adult feeding behavior / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanosome transport / melanin biosynthetic process / melanosome organization / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / neuropeptide hormone activity / hormone-mediated signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / cell-cell signaling / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Agouti Related Protein; Chain A / Agouti domain / Agouti / Agouti domain / Agouti domain superfamily / Agouti protein / Agouti domain profile. / Agouti domain signature. / Agouti protein / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Agouti-signaling protein
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者McNulty, J.C. / Jackson, P.J. / Thompson, D.A. / Chai, B. / Gantz, I. / Barsh, G.S. / Dawson, P.E. / Millhauser, G.L.
引用
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: High-resolution NMR structure of the chemically-synthesized melanocortin receptor binding domain AGRP(87-132) of the agouti-related protein
著者: McNulty, J.C. / Thompson, D.A. / Bolin, K.A. / Wilken, J. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Design, pharmacology, and NMR structure of a minimized cystine knot with agouti-related protein activity
著者: Jackson, P.J. / McNulty, J.C. / Yang, Y.K. / Thompson, D.A. / Chai, B. / Gantz, I. / Barsh, G.S. / Millhauser, G.L.
履歴
登録2004年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agouti Signaling Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8241
ポリマ－5,8241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 1000target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Agouti Signaling Protein / Agouti switch protein


分子量: 5823.997 Da / 分子数: 1 / 断片: residies 80-132 / 変異: Q115Y, S124Y / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in humans, genes ASIP, AGTI, AGTIL, ASP
参照: UniProt: P42127

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
2422D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques, in conjunction with a semi-automated assignment protocol.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM ASIP(80-132: Q115Y, S124Y), 100 mM d3-acetic acid/d3-sodium acetate, 90% H2O 10% D2O100 mM d3-acetic acid/d3-sodium acetate, 90% H2O 10% D2O
21 mM ASIP(80-132: Q115Y, S124Y), 100 mM d3-acetic acid/d3-sodium acetate, 100% D2O100 mM d3-acetic acid/d3-sodium acetate, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM d3-acetic acid/sodium acetate 5.0 ambient 288 K
2100 mM d3-acetic acid/sodium acetate 4.0 ambient 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Guentert, Herrmann, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
NMRPipe2.3Delaglio解析
VNMR6.1Ccollection
CYANA1.0.6Guentert, Herrmann, Mumenthaler, Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: This structure family represents one of two major conformers present in solution. The two conformers arise from the cis-trans proline isomerization of the Ala104-Pro105 peptide bond.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 21
Distance constraint violation method: From the original family of twenty, the representative conformer had the lowest target function and was subjected to further minimization in water. The remaining ...Distance constraint violation method: From the original family of twenty, the representative conformer had the lowest target function and was subjected to further minimization in water. The remaining structures were obtained without explicit inclusion of solvent.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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