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- PDB-1y6m: Crystal structure of Epstein-Barr virus IL-10 complexed with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y6m
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr virus IL-10 complexed with the soluble IL-10R1 chain
要素
  • Interleukin-10 receptor alpha chain
  • Viral interleukin-10 homolog
キーワードIMMUNE SYSTEM / HELIX BUNDLE / RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 binding / interleukin-10 receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / intestinal epithelial structure maintenance / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / regulation of cytokine production / negative regulation of autophagy ...interleukin-10 binding / interleukin-10 receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / intestinal epithelial structure maintenance / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of synapse organization / Interleukin-10 signaling / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / regulation of cytokine production / negative regulation of autophagy / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / signaling receptor activity / response to lipopolysaccharide / immune response / apical plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / : / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin 10 / : / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Viral interleukin-10 homolog / Interleukin-10 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yoon, S.I. / Jones, B.C. / Logsdon, N.J. / Walter, M.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Same structure, different function crystal structure of the Epstein-Barr virus IL-10 bound to the soluble IL-10R1 chain.
著者: Yoon, S.I. / Jones, B.C. / Logsdon, N.J. / Walter, M.R.
履歴
登録2004年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Viral interleukin-10 homolog
R: Interleukin-10 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6692
ポリマ－41,6692
非ポリマー00
水25214
1
L: Viral interleukin-10 homolog
R: Interleukin-10 receptor alpha chain

L: Viral interleukin-10 homolog
R: Interleukin-10 receptor alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3394
ポリマ－83,3394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.121, 47.121, 300.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, x-y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Viral interleukin-10 homolog / vIL-10 / BCRF1 protein / 20 kDa protein


分子量: 17162.711 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 26-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Lymphocryptovirus / 株: GD1 / 遺伝子: BCRF1 / プラスミド: pET-32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03180
#2: タンパク質 Interleukin-10 receptor alpha chain / IL-10R-A / IL-10R1


分子量: 24506.551 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain, residues 22-235 / Mutation: N29Q, N53Q, N89Q, N133Q, N156Q, N168Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL10RA, IL10R / プラスミド: pMTV5HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER CELLS
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q13651
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 6000, magnesium chloride, ADA, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 9518 / Num. obs: 9518 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.173 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.315 663 Random
Rwork0.261 --
all0.264 9238 -
obs0.264 9238 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2819 0 0 14 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3921 60 -
Rwork0.3873 --
obs-744 77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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