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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y64 | ||||||
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タイトル | Bni1p Formin Homology 2 Domain complexed with ATP-actin | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / FH2 ACTIN CYTOSKELETON / COILED COIL / ACTIN / TETRAMETHYLRHODAMINE-5-MALEIMIDE / ATP-STATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polarisome / formin-nucleated actin cable assembly / budding cell apical bud growth / vesicle targeting / mitotic actomyosin contractile ring assembly / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / actin nucleation / incipient cellular bud site / cellular bud tip ...polarisome / formin-nucleated actin cable assembly / budding cell apical bud growth / vesicle targeting / mitotic actomyosin contractile ring assembly / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / actin nucleation / incipient cellular bud site / cellular bud tip / profilin binding / cellular bud neck / mating projection tip / barbed-end actin filament capping / cytoskeletal motor activator activity / establishment of cell polarity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / cell division site / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / small GTPase binding / calcium-dependent protein binding / regulation of protein localization / lamellipodium / actin binding / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Otomo, T. / Tomchick, D.R. / Otomo, C. / Panchal, S.C. / Machius, M. / Rosen, M.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of actin filament nucleation and processive capping by a formin homology 2 domain 著者: Otomo, T. / Tomchick, D.R. / Otomo, C. / Panchal, S.C. / Machius, M. / Rosen, M.K. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures Of A Formin Homology-2 Domain Reveal A Tethered-Dimer Architecture 著者: Xu, Y. / Moseley, J.B. / Sagot, I. / Poy, F. / Pellman, D. / Goode, B.L. / Eck, M.J. #2: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: The Core FH2 Domain of Diaphanous-Related Formins Is an Elongated Actin Binding Protein that Inhibits Polymerization 著者: Shimada, A. / Nyitrai, M. / Vetter, I.R. / Kuhlmann, D. / Bugyi, B. / Narumiya, S. / Geeves, M.A. / Wittinghofer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y64.cif.gz | 151.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y64.ent.gz | 124.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y64.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1y64_validation.pdf.gz | 785.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1y64_full_validation.pdf.gz | 876 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1y64_validation.xml.gz | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1y64_validation.cif.gz | 54.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/1y64 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P68135 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50921.957 Da / 分子数: 1 / Fragment: FH2 DOMAIN, RESIDUES 1327-1769 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BNI1, PPF3, SHE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41832 |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: potassium bromide, hepes, DTT, Tris, ATP, calcium chloride, ethylene glycol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99987, 0.9797, 0.97981, 0.96411 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月20日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.05→31.78 Å / Num. all: 26458 / Num. obs: 26458 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 113 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24.4 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.08 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1314 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.05→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati sigma a free: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→30 Å
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拘束条件 |
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