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- PDB-1y63: Initial crystal structural analysis of a probable kinase from Lei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y63
タイトルInitial crystal structural analysis of a probable kinase from Leishmania major Friedlin
要素Lmaj004144AAA protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / Protein Structure Initiative / PSI / SGPP / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / adenylate kinase activity / nuclear lumen / rRNA primary transcript binding / cellular response to starvation / maturation of SSU-rRNA / cilium / cytoplasmic stress granule / response to oxidative stress / nucleolus ...adenylate kinase / adenylate kinase activity / nuclear lumen / rRNA primary transcript binding / cellular response to starvation / maturation of SSU-rRNA / cilium / cytoplasmic stress granule / response to oxidative stress / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase isoenzyme 6 / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BROMIDE ION / : / Adenylate kinase isoenzyme 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structural analysis of a probable kinase from Leishmania major Friedlin
著者: Robien, M.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32016年9月28日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN MN 353 IS AN INCOMPLETELY OCCUPIED MANGANESE, HOH 1002 IS MODELED TO ACCOUNT FOR RESIDUAL ...HETEROGEN MN 353 IS AN INCOMPLETELY OCCUPIED MANGANESE, HOH 1002 IS MODELED TO ACCOUNT FOR RESIDUAL NON-MANGANESE DENSITY AT THE NEARBY SPECIAL POSITION (TWO FOLD AXIS). NA 501 is intended to be on a special position (TWO FOLD AXIS).- it is about 0.26A away from its symmetry-related mate.
Remark 999SEQUENCE the sequence is available in GeneDB (www.genedb.org) which is publicly available. The ...SEQUENCE the sequence is available in GeneDB (www.genedb.org) which is publicly available. The GeneDB identifier for this gene is LmjF30.1890. Additionally, residues 1-4 (GPGS-) are a cloning artifact; they are the remains of an N-terminal His tag. The remainder of the His tag was cleaved prior to crystallization. The Leishmanial protein consists of residues 5-184 noted in the SEQRES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmaj004144AAA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,57017
ポリマ－21,2581
非ポリマー1,31216
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.116, 107.116, 35.216
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lmaj004144AAA protein


分子量: 21257.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 解説: T7 system / 遺伝子: LmjF30.1890 / プラスミド: pET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star/DE3 / 参照: UniProt: Q4Q7A6

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非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG20000, MES, MnCl2, HEPES, NaCl, Glycerol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9198, 0.8856, 0.9202
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91981
20.88561
30.92021
反射解像度: 1.55→38 Å / Num. all: 30440 / Num. obs: 30411 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.137 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.564 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MA IMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TWO LOOPS WHICH ARE PARTIALLY DISORDERED ARE MODELED WITH OCCUPANCY ESTIMATED AT 0.75 THESE INCLUDE RESIDUES 61-63 AND 120-123. SEVERAL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TWO LOOPS WHICH ARE PARTIALLY DISORDERED ARE MODELED WITH OCCUPANCY ESTIMATED AT 0.75 THESE INCLUDE RESIDUES 61-63 AND 120-123. SEVERAL DISORDERED SIDECHAIN ATOMS ARE MODELED WITH OCCUPANCY SET TO 0.10. PARTIALLY ORDERED SIDECHAIN ATOMS HAVE BEEN MODELED WITH OCCUPANCIES SET TO ONE-HALF OF THE CORRESPONDING MAIN CHAIN ATOMS. THE FINAL OCCUPANCIES OF THE PARTIALLY OCCUPIED HEAVY ATOMS WERE OBTAINED USING SHARP, AND ROUNDED TO THE NEAREST 0.05. THE CLOSE CONTACT BETWEEN RESIDUES GLU54 AND ILE63 IS BETWEEN SEVERELY DISORDERED SIDECHAINS IN A MINIMALLY ORDERED LOOP, AS NOTED above. THE OCCUPANCIES OF THESE SIDECHAINS HAS BEEN LOWERED TO REFLECT THE WEAK ELECTRON DENSITY IN THIS AREA OF THE MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19621 1181 5.1 %RANDOM
Rwork0.16492 ---
all0.1665 21985 --
obs0.1665 21985 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 42 157 1565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9911964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8333012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9915170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53224.93375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77515270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1961510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8554848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5844345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.89361381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3696615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.24910583
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 152 -
Rwork0.164 3166 -
obs-3318 99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.726 Å / Origin y: 6.062 Å / Origin z: 17.465 Å
111213212223313233
T-0.0786 Å2-0.0003 Å2-0.0086 Å2--0.0886 Å2-0.0156 Å2---0.0957 Å2
L1.6244 °2-0.4653 °20.1687 °2-1.1455 °2-0.1666 °2--1.0981 °2
S0.039 Å °-0.0188 Å °-0.0742 Å °-0.0541 Å °-0.028 Å °0.0766 Å °0.0314 Å °0.0234 Å °-0.011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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