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万見
- PDB-1y60: Structure of the tetrahydromethanopterin dependent formaldehyde-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y60
タイトルStructure of the tetrahydromethanopterin dependent formaldehyde-activating enzyme (Fae) from Methylobacterium extorquens AM1 with bound 5,10-methylene tetrahydromethanopterin
要素Formaldehyde-activating enzyme fae
キーワードLYASE / Pentamer / beta-alpha-beta left handed crossover / TETRAHYDROMETHANOPTERIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


5,6,7,8-tetrahydromethanopterin hydro-lyase / carbon-nitrogen lyase activity / formaldehyde catabolic process / carbohydrate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formaldehyde-activating enzyme / Formaldehyde-activating enzyme / Formaldehyde-activating enzyme superfamily / Formaldehyde-activating enzyme (Fae) / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN / 5,6,7,8-tetrahydromethanopterin hydro-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Acharya, P. / Goenrich, M. / Hagemeier, C.H. / Demmer, U. / Vorholt, J.A. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: How an enzyme binds the C1-carrier tetrahydromethanopterin: Structure of the tetrahydromethanopterin dependent formaldehyde-activating enzyme (Fae) from Methylobacterium extorquens AM1
著者: Acharya, P. / Goenrich, M. / Hagemeier, C.H. / Demmer, U. / Vorholt, J.A. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
履歴
登録2004年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formaldehyde-activating enzyme fae
B: Formaldehyde-activating enzyme fae
C: Formaldehyde-activating enzyme fae
D: Formaldehyde-activating enzyme fae
E: Formaldehyde-activating enzyme fae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,83510
ポリマ－89,8925
非ポリマー3,9435
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24880 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.860, 112.590, 72.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Formaldehyde-activating enzyme fae


分子量: 17978.391 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complexed with pterin-related cofactor
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
株: AM1 / 遺伝子: fae / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9FA38
#2: 化合物
ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN


分子量: 788.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45N6O16P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 20% (w/v) polyethyleneglycol 10,000, 5 mM tetrahydromethanopterin (H4MPT), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.82 Å / Num. all: 59516 / Num. obs: 57191 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique all: 8288 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Formaldehyde-activating enzyme from Methylobacterium extorquens AM1 PDB ID 1Y5Y

1y5y


解像度: 1.9→44.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 108436.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2967 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.225 57191 --
obs0.225 57191 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.4963 Å2 / ksol: 0.390567 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.76 Å20 Å26.46 Å2
2---9.77 Å20 Å2
3----8.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 225 492 7010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.662.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 424 5 %
Rwork0.391 8083 -
obs-8507 83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5H4M.PARH4M.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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