PDB-1y2m: Crystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from yeast Rhodo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y2m

タイトル

Crystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from yeast Rhododporidium toruloides

要素

Phenylalanine ammonia-lyase

キーワード

LYASE / Alpha helices

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylalanine/tyrosine ammonia-lyase / tyrosine ammonia-lyase activity / cinnamic acid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / L-phenylalanine catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodosporidium toruloides (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wang, L. / Gamez, A. / Sarkissian, C.N. / Straub, M. / Patch, M.G. / Han, G.W. / Scriver, C.R. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: Mol.Genet.Metab. / 年: 2005
タイトル: Structure-based chemical modification strategy for enzyme replacement treatment of phenylketonuria.
著者: Wang, L. / Gamez, A. / Sarkissian, C.N. / Straub, M. / Patch, M.G. / Han, G.W. / Striepeke, S. / Fitzpatrick, P. / Scriver, C.R. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2004年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y2m.cif.gz	533.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y2m.ent.gz	453.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y2m_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y2m_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	1y2m_validation.xml.gz	102.4 KB	表示
CIF形式データ	1y2m_validation.cif.gz	155.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y2m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t6p-2 1t6p-1 1t6j-1 6at7-2 4bab-d 4baa-d 4v2r-1 2yii-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phenylalanine ammonia-lyase

B: Phenylalanine ammonia-lyase

C: Phenylalanine ammonia-lyase

D: Phenylalanine ammonia-lyase

311 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.759, 151.612, 179.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a tetramer

#1: タンパク質	Phenylalanine ammonia-lyase 分子量: 77672.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodosporidium toruloides (菌類) / プラスミド: pIBX-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P11544, EC: 4.3.1.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: Friedel pairs were used for phasing
結晶化	温度: 277 K / 手法: macroseeding / pH: 6.5 詳細: mPEG5000, Tris, pH 6.5, macroseeding, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月22日
放射	モノクロメーター: filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 723300 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→41.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.91 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18653	18674	5 %	RANDOM
R_work	0.15789	-	-	-
obs	0.15933	353019	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20155	0	0	1915	22070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	20551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	19206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.964	27899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.873	3	44552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.39	5	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.496	24.002	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.764	15	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.654	15	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	22831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	4995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	20062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	10646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	11902
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.198	3	14126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.539	3	5401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.695	5	21289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.716	8	7755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.297	11	6610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	1306	-
R_work	0.244	24714	-
obs	-	-	94.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4594	0.0157	0.1935	0.067	0.0087	0.2717	0.0561	0.1036	-0.118	-0.021	-0.0081	-0.0133	0.0831	0.0316	-0.048	0.0037	0.0172	-0.0156	-0.04	-0.0371	-0.003	35.2406	61.3811	2.0996
2	0.3881	-0.0119	0.1355	0.1619	-0.0358	0.353	0.0024	0.1026	0.0117	-0.0358	-0.0209	-0.0251	-0.0162	0.0902	0.0184	-0.041	0.001	0.0166	-0.0423	0.0156	-0.0509	54.3219	93.9584	9.0916
3	0.4177	-0.0148	0.1643	0.1085	-0.0138	0.3252	0.045	-0.08	-0.0861	0.0149	-0.0099	0.008	0.062	-0.0508	-0.0352	-0.0216	-0.0123	-0.009	-0.0616	0.0276	-0.0271	39.4921	66.484	38.239
4	0.3441	0.0357	0.1563	0.1364	0.0812	0.3585	-0.0096	-0.059	0.0281	0.0075	-0.0247	0.0282	-0.0333	-0.0995	0.0343	-0.0453	0.0175	0.0044	-0.0465	-0.0013	-0.0508	20.0106	95.7134	22.1328

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	26 - 715	26 - 715
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	26 - 716	26 - 716
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	26 - 716	26 - 716
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	26 - 716	26 - 716

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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