PDB-1y29: Three dimensional solution structure of huwentoxin-x by 2D 1H-NMR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y29

タイトル

Three dimensional solution structure of huwentoxin-x by 2D 1H-NMR

要素

huwentoxin-x

キーワード

TOXIN / A double-stranded beta-sheet / ICK / Knottin

機能・相同性

calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Omega-theraphotoxin-Hs1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Liu, Z. / Liang, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Function and solution structure of Huwentoxin-X, a specific blocker of N-type calcium channels, from the Chinese bird spider Ornithoctonus huwena
著者: Liu, Z. / Dai, J. / Dai, L. / Deng, M. / Hu, Z. / Hu, W. / Liang, S.

履歴

登録	2004年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y29.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y29.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1y29_validation.pdf.gz	329.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1y29_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	1y29_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	1y29_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/1y29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tcj-d 1tcg-d 1bh4-d 2ncv-d 1mhu-d 2n6n-d 2juy-d 2rtz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: huwentoxin-x

2.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #6	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	huwentoxin-x 分子量: 2942.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was isolated from the venom of spider Ornithoctonus huwena, synthesized by using solid phase chemical method. 参照: UniProt: P68424
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 5MM HUWENTOXIN-X; PHOSPHATE BUFFER / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20 / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRView	5	Bruce A. Johnson	データ解析
X-PLOR	NIH-2.9.6	C.D. Schwieters	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 261 noe-derived distance constraints, 10 dihedral angel restraints and 9 fake distance restraints from disulfide bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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