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- PDB-1y12: Structure of a hemolysin-coregulated protein from Pseudomonas aer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y12
タイトルStructure of a hemolysin-coregulated protein from Pseudomonas aeruginosa
要素hypothetical protein PA0085
キーワードstructural genomics / unknown function / Pseudomonas aeruginosa / hemolysin-corregulation / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hcp1-like / : / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Zhou, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: A virulence locus of Pseudomonas aeruginosa encodes a protein secretion apparatus.
著者: Mougous, J.D. / Cuff, M.E. / Raunser, S. / Shen, A. / Zhou, M. / Gifford, C.A. / Goodman, A.L. / Joachimiak, G. / Ordonez, C.L. / Lory, S. / Walz, T. / Joachimiak, A. / Mekalanos, J.J.
履歴
登録2004年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年1月22日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年3月11日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_biol
Item: _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] ..._pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2]

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PA0085
B: hypothetical protein PA0085
C: hypothetical protein PA0085


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9653
ポリマ－53,9653
非ポリマー00
水9,674537
1
A: hypothetical protein PA0085
C: hypothetical protein PA0085

A: hypothetical protein PA0085
C: hypothetical protein PA0085

A: hypothetical protein PA0085
C: hypothetical protein PA0085


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9306
ポリマ－107,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area16160 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area40350 Å2
手法PISA
2
B: hypothetical protein PA0085
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9306
ポリマ－107,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area16480 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area38830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.729, 146.729, 42.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-226-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PA0085


分子量: 17988.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / 遺伝子: PA0085 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9I747
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, HEPES, tri-sodium citrate, Peritone N, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943, 0.97956, 0.96863
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979431
20.979561
30.968631
反射解像度: 1.95→48.03 Å / Num. all: 37749 / Num. obs: 37749 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→2.04 Å / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.13 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22665 1919 5.1 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
all0.18174 35832 --
obs0.18174 35832 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3609 0 0 537 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9454935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9125472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.82926.154156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49815660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.257159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.22493
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.52416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00623723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69531458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5694.51212
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 143 -
Rwork0.237 2341 -
obs--88.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18290.12640.30881.1762-0.45141.49270.0287-0.0040.1238-0.1243-0.02770.26570.06580.0708-0.001-0.03790.0372-0.0263-0.0486-0.02560.025846.52154.19432.548
21.47570.2950.15890.36890.15211.21110.0124-0.06830.0546-0.04430.00060.03050.0359-0.0509-0.0130.0072-0.0167-0.0109-0.02160.0053-0.078520.79120.75613.443
30.80670.81270.39620.83240.2731.3661-0.03320.01130.0388-0.0695-0.01590.0317-0.05360.0950.0491-0.03560.0032-0.0067-0.0135-0.0164-0.037249.53925.26132.22
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1625 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1625 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1625 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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