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- PDB-1y0b: Crystal Structure of Xanthine Phosphoribosyltransferase from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0b
タイトルCrystal Structure of Xanthine Phosphoribosyltransferase from Bacillus subtilis.
要素Xanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / xanthine / purine metabolism / phosphoribosyltransferase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine metabolic process / xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xanthine phosphoribosyltransferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Xanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Wu, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Xanthine Phosphoribosyltransferase from Bacillus subtilis
著者: Cuff, M.E. / Wu, R. / Joachimiak, A. / MCSG
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN Ligand G4P co-purified and crystallized with the protein. To explain the electron ...HETEROGEN Ligand G4P co-purified and crystallized with the protein. To explain the electron density, the author modeled part of the naturally occurring mononucleotide guanosine 3',5'-bis(diphosphate). The 5' diphosphate was omitted because of poor density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine phosphoribosyltransferase
B: Xanthine phosphoribosyltransferase
C: Xanthine phosphoribosyltransferase
D: Xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,50516
ポリマ－85,9084
非ポリマー2,59712
水15,133840
1
A: Xanthine phosphoribosyltransferase
B: Xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2528
ポリマ－42,9542
非ポリマー1,2986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
2
C: Xanthine phosphoribosyltransferase
D: Xanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2528
ポリマ－42,9542
非ポリマー1,2986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.503, 115.902, 73.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細putative dimer, A and B, C and D

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要素

#1: タンパク質
Xanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21477.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: xpt / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P42085, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Bis-tris, NaCl, PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97981,0.97995, 0.990
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月18日 / 詳細: SBC2
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979811
20.979951
30.991
反射解像度: 1.8→34.23 Å / Num. all: 58399 / Num. obs: 58399 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / % possible all: 49.66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.194 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22818 2903 5 %RANDOM
Rwork0.17831 ---
all0.1807 55482 --
obs0.1807 55482 88.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20.48 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5837 0 120 840 6797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9968154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4665762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.40625.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.666151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1761528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1460.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4421.53790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84526105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53632277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4884.52049
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 135 -
Rwork0.176 2289 -
obs--49.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4524-0.4233-0.39271.66680.38630.8266-0.030.1018-0.0685-0.01-0.00890.0811-0.0058-0.04730.039-0.062-0.01450.0061-0.0411-0.011-0.0451-4.927540.074536.2427
21.139-0.6604-0.27482.24020.42940.5441-0.01930.04390.10610.06750.0143-0.0196-0.0334-0.05730.005-0.0403-0.0033-0.003-0.05120.0111-0.0632-1.581164.556638.5259
31.85690.05910.66721.80250.40710.9591-0.0099-0.09940.0866-0.0055-0.03910.01760.0182-0.03710.049-0.06860.0076-0.0024-0.0326-0.0128-0.075313.167754.605674.6583
41.06740.01120.53112.2260.46440.58460.0306-0.0719-0.0622-0.1257-0.03720.14450.0144-0.06510.0066-0.0262-0.0004-0.0171-0.03010.0144-0.085516.902330.537572.1461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 1912 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1AE - M886 - 8881
3X-RAY DIFFRACTION2BB-2 - 1921 - 195
4X-RAY DIFFRACTION2BG - N886 - 8881
5X-RAY DIFFRACTION3CC-2 - 1891 - 192
6X-RAY DIFFRACTION3CI - O886 - 8881
7X-RAY DIFFRACTION4DD-2 - 1911 - 194
8X-RAY DIFFRACTION4DK - P886 - 8881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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