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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xzo | |||||||||
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タイトル | Identification of a disulfide switch in BsSco, a member of the Sco family of cytochrome c oxidase assembly proteins | |||||||||
要素 | Hypothetical protein ypmQ | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / thioredoxin-like fold / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.702 Å | |||||||||
データ登録者 | Ye, Q. / Imriskova-Sosova, I. / Hill, B.C. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Identification of a Disulfide Switch in BsSco, a Member of the Sco Family of Cytochrome c Oxidase Assembly Proteins 著者: Ye, Q. / Imriskova-Sosova, I. / Hill, B.C. / Jia, Z. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xzo.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xzo.ent.gz | 72.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xzo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xzo_validation.pdf.gz | 443.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xzo_full_validation.pdf.gz | 466.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xzo_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xzo_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/1xzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/1xzo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19745.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: DH5f / 遺伝子: ypmQ / プラスミド: PNM137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54178 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG5K MME, CdCl2, CaCl2, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(III) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→64.55 Å / Num. all: 57817 / Num. obs: 54348 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 0.94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.702→37.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 3.079 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.669 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.702→37.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20 /
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