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- PDB-1xyv: Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xyv
タイトルLow Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, monomer, semiquinone state
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / Flavodoxin / S64C Mutant / Engineered
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Artali, R. / Marchini, N. / Meneghetti, F. / Cavazzini, D. / Bombieri, G. / Rossi, G.L. / Gilardi, G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Redox properties and crystal structures of a Desulfovibrio vulgaris flavodoxin mutant in the monomeric and homodimeric forms.
著者: Fantuzzi, A. / Artali, R. / Bombieri, G. / Marchini, N. / Meneghetti, F. / Gilardi, G. / Sadeghi, S.J. / Cavazzini, D. / Rossi, G.L.
履歴
登録2004年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2822
ポリマ－15,8251
非ポリマー4561
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.490, 50.490, 137.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 15825.371 Da / 分子数: 1 / 変異: S64C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
プラスミド: pT7 / 発現宿主: Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) / 参照: UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS MAINTAIN THAT RESIDUE 2 IS ALA AND NOT PRO.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.24 Å / Num. all: 17593 / Num. obs: 11117 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 6.2 Å2 / Rsym value: 0.088
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rsym value: 0.748 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J9G

1j9g


解像度: 1.79→19.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1392030.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 10 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1019 10.3 %RANDOM
Rwork0.146 ---
all0.217 17593 --
obs0.173 9929 56.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.4392 Å2 / ksol: 0.377393 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20 Å2
2--2.55 Å20 Å2
3----5.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→19.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1102 0 31 159 1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 39 9.5 %
Rwork0.146 370 -
obs--14.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FMN.PARAMFMN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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