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- PDB-1xyg: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT2G19940 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xyg
タイトルX-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT2G19940
要素putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductaseN-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / AT2G19940 / CATH 3.40.50 FOLD / SEMIALDEHYDE DEHYDORGENASE FAMILY / TETRAMER (四量体)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / arginine biosynthetic process / NADP+ binding / 葉緑体 / 葉緑体 / NAD binding / protein dimerization activity / copper ion binding / 核小体
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF GENE PRODUCT FROM ARABIDOPSIS THALIANA AT2G19940
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics
履歴
登録2004年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
B: putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
C: putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase
D: putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,6024
ポリマ－158,6024
非ポリマー00
水17,222956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17240 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area43930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.597, 107.067, 85.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
putative N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ


分子量: 39650.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g19940 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q93Z70
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 23% PEG2K, 0.200 M TETRAMETHYL AMMONIUM CHLORIDE, 0.100 M MOPS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97167 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日 / 詳細: bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→27.54 Å / Num. obs: 66910 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Limit h max: 33 / Limit h min: -38 / Limit k max: 47 / Limit k min: -38 / Limit l max: 38 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 273025.87 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.2-2.253.40.2543.838320.68284.6
2.25-2.310.22640850.6790.4
2.31-2.370.20943360.69595.5
2.37-2.440.19244910.69898.5
2.44-2.520.17445190.73199.8
2.52-2.610.14945620.755100
2.61-2.710.12445360.798100
2.71-2.840.10845610.811100
2.84-2.990.08945430.84100
2.99-3.170.07245570.915100
3.17-3.420.05645560.976100
3.42-3.760.04645381.121100
3.76-4.310.03946041.268100
4.31-5.420.03445821.266100
5.42-500.02846291.02399.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å27.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP8.2.01version5.0:04/07/04位相決定
CNS1.1精密化
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VKN

1vkn


解像度: 2.19→27.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 3240 5.1 %random
Rwork0.187 ---
all-68848 --
obs-63968 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 61.4749 Å2 / ksol: 0.356645 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.33 Å2 / Biso mean: 38.85 Å2 / Biso min: 16.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5 Å20 Å2-1.51 Å2
2--18.99 Å20 Å2
3----11.49 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10720 0 0 956 11676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.492.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.19-2.290.2823325.30.26159250.0158586625772.9
2.29-2.410.2693855.10.24671080.0148582749387.3
2.41-2.560.2740150.22875630.0148588796492.7
2.56-2.760.2524215.20.2277530.0128580817495.3
2.76-3.040.2464074.90.20679340.0128609834196.9
3.04-3.470.2054164.90.18380260.018595844298.2
3.47-4.370.1794455.20.15681390.0088632858499.4
4.37-27.540.16743350.16482800.0088747871399.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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