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万見
- PDB-1xy2: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DEAMINO-OXYTOCIN. CONFORMATIONAL FL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xy2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DEAMINO-OXYTOCIN. CONFORMATIONAL FLEXIBILITY AND RECEPTOR BINDING
要素OXYTOCIN
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Vasopressin-like receptors / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / G alpha (q) signalling events / secretory granule / response to estrogen / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxytocin-neurophysin 1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Cooper, S. / Blundell, T.L. / Pitts, J.E. / Wood, S.P. / Tickle, I.J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: Crystal structure analysis of deamino-oxytocin: conformational flexibility and receptor binding.
著者: Wood, S.P. / Tickle, I.J. / Treharne, A.M. / Pitts, J.E. / Mascarenhas, Y. / Li, J.Y. / Husain, J. / Cooper, S. / Blundell, T.L. / Hruby, V.J. / Buku, A. / Fischman, A.J. / Wyssbrod, H.R.
#1: ジャーナル: Biological Organization. Macromolecular Interactions at High Resolution
年: 1987
タイトル: X-Ray Analysis of Deamino-Oxytocin. Conformational Flexibility and Receptor Binding
著者: Pitts, J.E. / Wood, S.P. / Tickle, I.J. / Treharne, A.M. / Mascarenhas, Y. / Li, J.Y. / Husain, J. / Cooper, S. / Blundell, T.L. / Hruby, V.J. / Wyssbrod, H.R. / Baku, A. / Fischman, A.J.
#2: ジャーナル: Crystallography in Molecular Biology / 年: 1988
タイトル: X-Ray Analysis of Polypeptide Hormones at (Less Than or Equal) 1 Angstrom Resolution. Anisotropic Thermal Motion and Secondary Structure of Pancreatic Polypeptide and Deamino-Oxytocin
著者: Treharne, A.M. / Wood, S.P. / Tickle, I.J. / Pitts, J.E. / Husain, J. / Glover, I.D. / Cooper, S. / Blundell, T.L.
履歴
登録1987年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01988年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月29日Group: Database references
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXYTOCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9771
ポリマ－9771
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.080, 9.060, 22.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THE SG ATOM OF RESIDUE MPR 1 IS DISORDERED. THE TWO POSSIBLE SITES FOR THIS ATOM ARE GIVEN AS ALTERNATE LOCATIONS *A* AND *B*.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OXYTOCIN


分子量: 977.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01175*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.41 Å3/Da
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Chiu, C.C., (1969) Science, 163, 925.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. obs: 10879 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELX-76精密化
SHELX位相決定
精密化最高解像度: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数68 0 0 7 75
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / Num. reflection obs: 1800 / Rfactor obs: 0.1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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