PDB-1xxe: RDC refined solution structure of the AaLpxC/TU-514 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xxe

タイトル

RDC refined solution structure of the AaLpxC/TU-514 complex

要素

UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / LpxC / TU-514 / LPS / lipid A / lipopolysaccharide UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / metalloamidase / zinc metalloamidase

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Coggins, B.E. / McClerren, A.L. / Jiang, L. / Li, X. / Rudolph, J. / Hindsgaul, O. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Refined Solution Structure of the LpxC-TU-514 Complex and pK(a) Analysis of an Active Site Histidine: Insights into the Mechanism and Inhibitor Design
著者: Coggins, B.E. / McClerren, A.L. / Jiang, L. / Li, X. / Rudolph, J. / Hindsgaul, O. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P.

履歴

登録	2004年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2004年11月23日	ID: 1NZT
改定 1.0	2004年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xxe.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xxe.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xxe_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xxe_full_validation.pdf.gz	674.1 KB	表示
XML形式データ	1xxe_validation.xml.gz	167.3 KB	表示
CIF形式データ	1xxe_validation.cif.gz	201.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1umz-1 6ih0-d 2jt2-d 3bhr-d 1yhc-4 2go3-1 1un1-1 4wvd-2 2j65-1 4u3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / E.C.3.5.1.- / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase 分子量: 32193.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complexed with TU-514 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: LpxC / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR 参照: UniProt: O67648, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-TUX / 1,5-ANHYDRO-2-C-(CARBOXYMETHYL-N-HYDROXYAMIDE)-2-DEOXY-3-O-MYRISTOYL-D-GLUCITOL / TU-514 / TU-514 分子量: 431.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₁NO₇

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
4	1	4	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
3	3	3	3D 13C-separated NOESY
3	4	3	RDC
4	5	4	HNCO-based RDC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5 mM U-15N/13C AaLpxC/TU-514	25 mM sodium phosphate, pH 6.5, 100 mM KCl, 2 mM DTT, 5% deuterated-DMSO and 5% D2O
2	0.5 mM deuterated, 15N/13C, VIL-methyl protonated AaLpxC with TU-514	25 mM sodium phosphate, pH 6.5, 100 mM KCl, 2 mM DTT, 5% deuterated-DMSO and 5% D2O
3	13C-TU514/15N AaLpxC	25 mM sodium phosphate, pH 6.5, 100 mM KCl, 2 mM DTT, 5% deuterated-DMSO and 95% D2O
4	0.5 mM U-15N AaLpxC/TU-514	25 mM sodium phosphate, pH 6.5, 100 mM KCl, 2 mM DTT, 5% deuterated-DMSO and 5% D2O

試料状態

イオン強度: 100 mM KCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 323 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert P., Mumenthaler C., Wuthrich K.	構造決定
XPLOR-NIH	2.9.7	Schwieters C.D., Kuszewski J.J., Tjandra N., Marius Clore G.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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