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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xxa | ||||||
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タイトル | C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI ARGININE REPRESSOR/ L-ARGININE COMPLEX; PB DERIVATIVE | ||||||
要素 | ARGININE REPRESSOR | ||||||
キーワード | COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN/PEPTIDE) / COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-PEPTIDE) / COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of arginine biosynthetic process / regulation of arginine catabolic process / plasmid recombination / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / arginine biosynthetic process / arginine binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein complex oligomerization / transcription regulator complex ...regulation of arginine biosynthetic process / regulation of arginine catabolic process / plasmid recombination / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / arginine biosynthetic process / arginine binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein complex oligomerization / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Van Duyne, G.D. / Ghosh, G. / Maas, W.K. / Sigler, P.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure of the oligomerization and L-arginine binding domain of the arginine repressor of Escherichia coli. 著者: Van Duyne, G.D. / Ghosh, G. / Maas, W.K. / Sigler, P.B. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Nucleotide Sequence of the Argr Gene of Escherichia Coli K-12 and Isolation of its Product, the Arginine Repressor 著者: Lim, D.B. / Oppenheim, J.D. / Eckhardt, T. / Maas, W.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xxa.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xxa.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xxa_validation.pdf.gz | 416.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xxa_full_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xxa_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xxa_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/1xxa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8351.467 Da / 分子数: 6 / 断片: INITIATOR MET PLUS C-TERMINAL RESIDUES 80 - 156 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 解説: T7 PROMOTER SYSTEM (NOVAGEN) / 遺伝子: T7 / プラスミド: PET3A / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6D0 #2: 化合物 | ChemComp-ARG / #3: 化合物 | ChemComp-PB / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9 |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24878 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.089 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 3 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 23025 / Num. reflection obs: 19076 / Rfactor all: 0.241 / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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