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- PDB-1xx5: Crystal Structure of Natrin from Naja atra snake venom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xx5
タイトルCrystal Structure of Natrin from Naja atra snake venom
要素Natrin 1
キーワードTOXIN / Natrin / CRISPs / Naja atra
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain ...Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain / ShKT domain profile. / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Cysteine-rich venom protein natrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, J. / Shen, B. / Lou, X.H. / Guo, M. / Teng, M.K. / Niu, L.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Blocking effect and crystal structure of natrin toxin, a cysteine-rich secretory protein from Naja atra venom that targets the BKCa channel
著者: Wang, J. / Shen, B. / Guo, M. / Lou, X.H. / Duan, Y. / Cheng, X.P. / Teng, M.K. / Niu, L.W. / Liu, Q. / Huang, Q. / Hao, Q.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Purification, partial characterization, crystallization and preliminary X-ray diffraction of two cysteine-rich secretory proteins from Naja atra and Trimeresurus stejnegeri venoms
著者: Tu, X. / Wang, J. / Guo, M. / Zheng, D. / Teng, M. / Niu, L. / Liu, Q. / Huang, Q. / Hao, Q.
履歴
登録2004年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年12月3日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natrin 1
B: Natrin 1
C: Natrin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0355
ポリマ－74,9433
非ポリマー922
水7,638424
1
A: Natrin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0272
ポリマ－24,9811
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Natrin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0272
ポリマ－24,9811
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Natrin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9811
ポリマ－24,9811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.676, 90.753, 91.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Natrin 1 / Cysteine-rich venom protein 1 / NA-CRVP1


分子量: 24981.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: Q7T1K6
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: NaCl, Tris-CL, EtOH, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9363 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9363 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 33482 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 47.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RC9

1rc9


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 265136.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1628 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs-32156 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.6056 Å2 / ksol: 0.467293 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---4.29 Å20 Å2
3---4.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 6 424 5514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 214 5.4 %
Rwork0.24 4842 -
obs-3590 95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ETH1.PARAMETH1.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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