[日本語] English
万見
- PDB-1xu8: The 2.8 A structure of a tumour suppressing serpin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xu8
タイトルThe 2.8 A structure of a tumour suppressing serpin
要素Maspin
キーワードSIGNALING PROTEIN / maspin / serpin / tumor suppressor / SERPINB5
機能・相同性
機能・相同性情報


prostate gland morphogenesis / regulation of epithelial cell proliferation / cornified envelope / sarcoplasm / extracellular matrix organization / morphogenesis of an epithelium / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maspin, serpin domain / Serpin B9/maspin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family ...Maspin, serpin domain / Serpin B9/maspin / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Irving, J.A. / Law, R.H. / Ruzyla, K. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Kim, N. / Worrall, D.M. / Rossjohn, J. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The high resolution crystal structure of the human tumor suppressor maspin reveals a novel conformational switch in the G-helix.
著者: Law, R.H. / Irving, J.A. / Buckle, A.M. / Ruzyla, K. / Buzza, M. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Beddoe, T.C. / Nguyen, K. / Worrall, D.M. / Bottomley, S.P. / Bird, P.I. / Rossjohn, J. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maspin
B: Maspin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5804
ポリマ－85,3882
非ポリマー1922
水2,216123
1
A: Maspin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8863
ポリマ－42,6941
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maspin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6941
ポリマ－42,6941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.540, 100.480, 136.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUASPASPAA4 - 3329 - 337
21LEULEUASPASPBB4 - 3329 - 337
12HISHISPROPROAA344 - 375349 - 380
22HISHISPROPROBB344 - 375349 - 380

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit consists of a monomer.

-
要素

#1: タンパク質 Maspin / Protease inhibitor 5


分子量: 42693.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINB5 / プラスミド: pRSETC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P36952
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 18753 / Num. obs: 18174 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1711 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1精密化
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OVA CHAIN A

1ova


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 37.851 / SU ML: 0.373 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28568 945 5.2 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.22409 17231 96.91 %-
all-18753 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK / Bsol: 31.05 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----1.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5815 0 10 123 5948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9717988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1635734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78426.231260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.733151129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.24005
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.380.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.07133771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88955977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18872361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.045102011
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12578tight positional0.040.05
2275tight positional0.040.05
12578tight thermal0.080.5
2275tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 55 -
Rwork0.307 1150 -
obs--90.26 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る