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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xu7
タイトルCrystal Structure of the Interface Open Conformation of Tetrameric 11b-HSD1
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 11b-HSD1 / SDR / dehydrogenase / hydroxysteroid
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hosfield, D.J. / Wu, Y. / Skene, R.J. / Hilger, M. / Jennings, A. / Snell, G.P. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Conformational Flexibility in Crystal Structures of Human 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type I provide insights into glucocorticoid interconversion and enzyme regulation.
著者: Hosfield, D.J. / Wu, Y. / Skene, R.J. / Hilger, M. / Jennings, A. / Snell, G.P. / Aertgeerts, K.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,01814
ポリマ－127,3484
非ポリマー6,67110
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0097
ポリマ－63,6742
非ポリマー3,3355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0097
ポリマ－63,6742
非ポリマー3,3355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.430, 159.625, 73.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological tetramer

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要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase, isozyme 1 / 11-DH / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1


分子量: 31836.875 Da / 分子数: 4 / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L / プラスミド: pBAD-ThioE / Cell (発現宿主): DH10b-Tir / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG , MES buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.3404, 1.3408, 1.3412, 1.2782
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.34041
21.34081
31.34121
41.27821
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 114558 / Num. obs: 114558 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 9105 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.488 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21716 5734 5 %RANDOM
Rwork0.19697 ---
all0.19796 108793 --
obs0.19796 108793 95.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å2-1.09 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8031 0 404 486 8921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0348605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2652.02111712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.05951044
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.24822
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3341.55192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66628351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10433413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8794.53361
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.843 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 324
Rwork0.25 6068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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