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万見
- PDB-1xtn: crystal structure of CISK-PX domain with sulfates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtn
タイトルcrystal structure of CISK-PX domain with sulfates
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk3
キーワードTRANSFERASE / CISK / PX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / potassium channel regulator activity / localization / phosphatidylinositol binding / recycling endosome / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase ...Stimuli-sensing channels / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / potassium channel regulator activity / localization / phosphatidylinositol binding / recycling endosome / cytoplasmic vesicle / molecular adaptor activity / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase Sgk3, catalytic domain / CISK, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase Sgk3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xing, Y. / Liu, D. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Songyang, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of membrane targeting by the Phox homology domain of cytokine-independent survival kinase (CISK-PX)
著者: Xing, Y. / Liu, D. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Songyang, Z. / Xu, W.
履歴
登録2004年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk3
B: Serine/threonine-protein kinase Sgk3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1096
ポリマ－28,7252
非ポリマー3844
水2,468137
1
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5553
ポリマ－14,3621
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase Sgk3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5553
ポリマ－14,3621
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.139, 45.002, 59.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk3 / Serum/glucocorticoid regulated kinase 3 / Serum/glucocorticoid regulated kinase-like / Cytokine ...Serum/glucocorticoid regulated kinase 3 / Serum/glucocorticoid regulated kinase-like / Cytokine independent survival kinase


分子量: 14362.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sgkl, Cisk, Sgk3 / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ERE3, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, Am2SO4, PEG5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月27日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 16082 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1496 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XTE

1xte


解像度: 2.2→41.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 241347.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 702 4.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 14593 90.5 %-
all-16082 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5554 Å2 / ksol: 0.329492 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å20 Å2
2--6.23 Å20 Å2
3----5.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 20 137 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 108 5.7 %
Rwork0.211 1777 -
obs--71.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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