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万見
- PDB-1xtc: CHOLERA TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xtc
タイトルCHOLERA TOXIN
要素(CHOLERA TOXIN) x 3
キーワードTOXIN / ENTEROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / catalytic complex / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / periplasmic space / lipid binding ...host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / catalytic complex / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / periplasmic space / lipid binding / host cell plasma membrane / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholera enterotoxin subunit A / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, R.-G. / Westbrook, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The three-dimensional crystal structure of cholera toxin.
著者: Zhang, R.G. / Scott, D.L. / Westbrook, M.L. / Nance, S. / Spangler, B.D. / Shipley, G.G. / Westbrook, E.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The 2.4 A Crystal Structure of Cholera Toxin B Subunit Pentamer: Choleragenoid
著者: Zhang, R.G. / Westbrook, M.L. / Westbrook, E.M. / Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Maulik, P.R. / Reed, R.A. / Shipley, G.G.
履歴
登録1996年1月10日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLERA TOXIN
C: CHOLERA TOXIN
D: CHOLERA TOXIN
E: CHOLERA TOXIN
F: CHOLERA TOXIN
G: CHOLERA TOXIN
H: CHOLERA TOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7097
ポリマ－85,7097
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19330 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.000, 92.200, 60.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CHOLERA TOXIN / CTX / CHOLERAGEN


分子量: 21841.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMMERCIALLY OBTAINED FROM LIST BIOLOGICAL LABORATORY, CAMPBER CA95008
由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 参照: UniProt: P01555
#2: タンパク質・ペプチド CHOLERA TOXIN / CTX / CHOLERAGEN


分子量: 5404.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMMERCIALLY OBTAINED FROM LIST BIOLOGICAL LABORATORY, CAMPBER CA95008
由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 参照: UniProt: P01555
#3: タンパク質
CHOLERA TOXIN / CTX / CHOLERAGEN


分子量: 11692.346 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMMERCIALLY OBTAINED FROM LIST BIOLOGICAL LABORATORY, CAMPBER CA95008
由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 参照: UniProt: P01556
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHOLERA TOXIN CONTAINS 3 KINDS OF CHAINS: AN ALPHA AND A GAMMA CHAIN (FROM THE SAME PRECURSOR ...CHOLERA TOXIN CONTAINS 3 KINDS OF CHAINS: AN ALPHA AND A GAMMA CHAIN (FROM THE SAME PRECURSOR MOLECULE), LINKED BY AN INTERCHAIN DISULFIDE BOND, ASSOCIATED NONCOVALENTLY WITH AN AGGREGATE OF 4 TO 6 BETA CHAINS. CHAIN A IS THE A1 OR ALPHA CHAIN, CHAIN C IS THE A2 OR GAMMA CHAIN, AND CHAINS D, E, F, G, AND H ARE THE FIVE ASSOCIATED BETA CHAINS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Spangler, B.D., (1989) Biochemistry, 28, 1333.

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年8月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 26200 / % possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. measured all: 60810 / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.185 -
obs-26200
原子変位パラメータBiso mean: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5997 0 0 138 6135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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