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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xsq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ureidoglycolate hydrolase from E.coli. Northeast Structural Genomics Consortium target ET81. | ||||||
要素 | Ureidoglycolate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / ET81 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ureidoglycolate lyase / ureidoglycolate lyase activity / ureidoglycolate hydrolase activity / allantoin catabolic process / purine nucleobase catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Acton, T.B. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of ureidoglycolate hydrolase from E.coli. Northeast Structural Genomics Consortium target ET81. 著者: Kuzin, A.P. / Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Acton, T.B. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xsq.cif.gz | 75.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xsq.ent.gz | 60.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xsq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xsq_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xsq_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xsq_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xsq_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xsq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19352.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: allA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P77731, EC: 3.5.3.19 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Na-citrate, Na-formate, PEG-3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 80698 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 42.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 77.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→24.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 711546.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6812 Å2 / ksol: 0.369831 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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