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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xsp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with nicked DNA and pyrophosphate | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE LAMBDA / Protein-DNA complex / Helix-hairpin-helix / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Krahn, J.M. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A closed conformation for the Pol lambda catalytic cycle. 著者: Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Krahn, J.M. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. #1: ![]() タイトル: A Structural Solution for the DNA Polymerase-lambda Dependent Repair of DNA Gaps with Minimal Homology 著者: Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Krahn, J.M. / Blanco, L. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C. #2: ![]() タイトル: DNA polymerase lambda, a novel DNA repair enzyme in human cells 著者: Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Sabariegos, R. / Dominguez, O. / Rodriguez, J. / Kirchhoff, T. / Garcia-Palomero, E. / Picher, A.J. / Juarez, R. / Ruiz, J.F. / Kunkel, T.A. / Blanco, L. #3: ![]() タイトル: The frameshift Infidelity of human DNA polymerase lambda. Implications for function. 著者: Bebenek, K. / Garcia-Diaz, K. / Blanco, L. / Kunkel, T.A. #4: ![]() タイトル: Identification of an intrinsic 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity in human DNA polymerase lambda: a possible role in Base Excision Repair 著者: Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Kunkel, T.A. / Blanco, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The protein is a monomer thus the asymmetric unit represents the biological unit |
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要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#1: DNA鎖 | 分子量: 3350.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2122.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Downstream Primer DNA |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 37447.688 Da / 分子数: 1 / Fragment: 39 kDa catalytic C-terminal domain / Mutation: C543A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 339分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-PPV / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2-propanol, sodium citrate, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 25700 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 16.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 91.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7143 Å2 / ksol: 0.308968 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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