PDB-1xs8: Solution Structure of YGGX protein of salmonella enterica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xs8

タイトル

Solution Structure of YGGX protein of salmonella enterica

要素

UPF0269 protein yggX

キーワード

METAL TRANSPORT / helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to oxidative stress / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Qiu, C. / Thorgersen, M.P. / Westler, W.M. / Downs, D.M. / Markley, J.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution strutcure of Yggx:a protein involved in protection of Fe-S clusters towards oxidation
著者: Qiu, C. / Thorgersen, M.P. / Westler, W.M. / Downs, D.M. / Markley, J.L.

履歴

登録	2004年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xs8.cif.gz	586.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xs8.ent.gz	493.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xs8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xs8_validation.pdf.gz	338.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xs8_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	1xs8_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	1xs8_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xs8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/1xs8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6j08-2 3plx-d 6oe6-1 2bep-d 1fso-d 5v6e-4 5w2l-2 4lw9-11 5h1d-d 2r5x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0269 protein yggX

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	UPF0269 protein yggX 分子量: 10915.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: Typhimurium LT2 / 遺伝子: yggX / プラスミド: pTYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67617

#1: タンパク質

UPF0269 protein yggX

分子量: 10915.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: Typhimurium LT2 / 遺伝子: yggX / プラスミド: pTYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67617

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: 19.3 mg/mL YggX, 10 mM deuterated Tris, 10% D2O/H2O / 溶媒系: 10% D2O/H2O
試料状態	イオン強度: 10 mM / pH: 7.8 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	Varian	collection
NMRPipe	1.7	Frank Delaglio	解析
Felix	98	Accelrys	データ解析
CNS	1.1	Brunger,Adams,Clore,Nilges.	構造決定
ARIA	1.2	Nilges	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2568 restraints, 2410 are NOE-derived distance constraints, 106 dihedral angle restraints,52 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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