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- PDB-1xri: X-ray structure of a putative phosphoprotein phosphatase from Ara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xri
タイトルX-ray structure of a putative phosphoprotein phosphatase from Arabidopsis thaliana gene AT1G05000
要素At1g05000
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein Structure Initiative / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics / AT1G05000 / phosphoprotein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,3,4,6-tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol diphosphatase DSP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural and functional characterization of a novel phosphatase from the Arabidopsis thaliana gene locus At1g05000.
著者: Aceti, D.J. / Bitto, E. / Yakunin, A.F. / Proudfoot, M. / Bingman, C.A. / Frederick, R.O. / Sreenath, H.K. / Vojtik, F.C. / Wrobel, R.L. / Fox, B.G. / Markley, J.L. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年2月6日Group: Database references
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: At1g05000
B: At1g05000
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4646
ポリマ－35,0802
非ポリマー3844
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
A: At1g05000
B: At1g05000
ヘテロ分子

A: At1g05000
B: At1g05000
ヘテロ分子

A: At1g05000
B: At1g05000
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,39218
ポリマ－105,2406
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area13690 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area37610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.483, 124.483, 124.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 At1g05000


分子量: 17539.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
解説: pQE derivative / 遺伝子: At1g05000 / プラスミド: pVP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZVN4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 MG/ML PROTEIN 0.60 M AMMONIUM SULFATE, .100 M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97930.9793
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.9790.979
検出器
タイプID検出器日付詳細
APS-11CCD2004年7月31日sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
MAR CCD 165 mm2CCD2004年8月8日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator, water cooledMADMx-ray1
2Diamond (111) double-crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9791
反射解像度: 3.3→44.01 Å / Num. all: 18774 / Num. obs: 18774 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.6 % / Limit h max: 37 / Limit h min: 2 / Limit k max: 26 / Limit k min: 2 / Limit l max: 26 / Limit l min: -26 / Observed criterion F max: 147635.48 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル

Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Diffraction-ID: 1,2 / 冗長度: 22.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
3.3-3.380.2916570.949100
3.38-3.460.246681.022100
3.46-3.550.196370.996100
3.55-3.660.1576660.976100
3.66-3.780.146661.083100
3.78-3.910.1326441.123100
3.91-4.070.1086511.118100
4.07-4.250.0976521.114100
4.25-4.480.0966661.032100
4.48-4.760.0846611.057100
4.76-5.130.0936711.103100
5.13-5.640.1156711.079100
5.64-6.460.1376741.047100
6.46-8.130.0956771.032100
8.13-500.0557281.12899.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
Phasing MADD res high: 3.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.44 / 反射: 8211
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1110.979514.06-11.01
1120.97939.56-2
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1118.2615.97131.96SE22.90.16
27.754124.50126.03SE600.32
3121.34133.78123.893SE600.25
41.9650.08325.229SE600.26
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
11.16-200.62480
7.54-11.160.61717
6.04-7.540.54874
5.18-6.040.511022
4.61-5.180.461137
4.19-4.610.421234
3.87-4.190.361311
3.61-3.870.291436
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.75 / FOM centric: 0.63 / 反射: 9971 / Reflection acentric: 8874 / Reflection centric: 1097
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.4-44.0110.930.930.77470344126
5.9-9.40.780.810.6613511142209
4.7-5.90.780.810.6316751476199
4.1-4.70.80.820.6716661503163
3.5-4.10.740.750.6129752718257
3.3-3.50.560.570.4718341691143

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 単波長異常分散
解像度: 3.3→44.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: Selenium F' and F'' adjusted for wavelength. Molprobity used to assist in final model building. The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1736 9.4 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all-18774 --
obs-18486 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent / Bsol: 39.628 Å2 / ksol: 0.343235 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 157.13 Å2 / Biso mean: 29.12 Å2 / Biso min: 2.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 20 60 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.93
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.3-3.450.28523610.30.2220480.0192409228494.8
3.45-3.630.26223210.20.19320320.0172350226496.3
3.63-3.860.2322058.70.17921400.0162392234598
3.86-4.160.2151737.50.17621400.0162333231399.1
4.16-4.580.223510.10.16320820.0132337231799.1
4.58-5.240.193232100.15220990.0132347233199.3
5.24-6.60.35120790.26720820.0242325228998.5
6.6-44.010.3072169.20.29421270.0212359234399.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION20_cis_peptide.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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