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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xrb | ||||||
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タイトル | S-adenosylmethionine synthetase (MAT, ATP: L-methionine S-adenosyltransferase, E.C.2.5.1.6) in which MET residues are replaced with selenomethionine residues (MSE) | ||||||
![]() | S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / potassium ion binding / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Takusagawa, F. / Kamitori, S. / Misaki, S. / Markham, G.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine synthetase. 著者: Takusagawa, F. / Kamitori, S. / Misaki, S. / Markham, G.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY 13 - HIS 14 OMEGA = 147.84 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ASP 173 - ASP 174 OMEGA = 215.56 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ASP 194 - GLN 195 OMEGA = 212.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: GLY 228 - ARG 229 OMEGA = 238.48 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: GLY 259 - GLY 260 OMEGA = 227.75 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE TETRAMERIC ENZYME CAN BE GENERATED BY THE FOLLOWING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS: X, Y, Z, -X, Y-X, 1/3-Z -X, 1-Y, Z X, 1+X-Y, 1/3-Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42289.363 Da / 分子数: 1 / 変異: MET RESIDUES ARE REPLACED WITH SELENOMETHIONINE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04384, UniProt: P0A817*PLUS, methionine adenosyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 26 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→10 Å / Num. obs: 62929 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13507 / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 62929 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→10 Å / σ(I): 2.77
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 25.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.13 Å / Total num. of bins used: 8 / Num. reflection obs: 1604 / Rfactor obs: 0.279 |