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- PDB-1xpq: Crystal structure of fms1, a polyamine oxidase from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpq
タイトルCrystal structure of fms1, a polyamine oxidase from yeast
要素Polyamine oxidase FMS1
キーワードOXIDOREDUCTASE / polyamine oxidase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific polyamine oxidase / : / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / : / spermine oxidase activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...non-specific polyamine oxidase / : / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / : / spermine oxidase activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / pantothenate biosynthetic process / Estrogen-dependent gene expression / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / chromatin binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / SPERMINE / Polyamine oxidase FMS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Huang, Q. / Liu, Q. / Hao, Q.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of Fms1 and its complex with spermine reveal substrate specificity.
著者: Huang, Q. / Liu, Q. / Hao, Q.
履歴
登録2004年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年12月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_analyze / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.percent_possible_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine oxidase FMS1
B: Polyamine oxidase FMS1
C: Polyamine oxidase FMS1
D: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,06812
ポリマ－234,1174
非ポリマー3,9528
水4,234235
1
A: Polyamine oxidase FMS1
B: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0346
ポリマ－117,0582
非ポリマー1,9764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area39770 Å2
手法PISA
2
C: Polyamine oxidase FMS1
D: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0346
ポリマ－117,0582
非ポリマー1,9764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area38740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.048, 98.133, 123.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Polyamine oxidase FMS1 / Fenpropimorph resistance multicopy suppressor 1


分子量: 58529.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FMS1, YMR020W, YM9711.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50264, non-specific polyamine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.627 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9474 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 82478 / Num. obs: 66331 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→42.93 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 1997 3.01 %RANDOM
Rwork0.1997 64274 --
obs0.202 66271 80.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.78 Å2 / Biso mean: 49.4586 Å2 / Biso min: 17.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15947 0 268 235 16450
Biso mean--44.09 44.69 -
残基数----1991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.570.49751340.31684365449977
2.57-2.640.44891360.29284385452177
2.64-2.720.33451360.26514362449877
2.72-2.810.36811340.25354330446476
2.81-2.910.33631350.25344322445776
2.91-3.020.32671330.25624271440475
3.02-3.160.38161340.26174312444676
3.16-3.330.33131370.23314398453577
3.33-3.530.34831370.21654432456978
3.53-3.810.2781400.20484467460778
3.81-4.190.21011450.17564646479181
4.19-4.790.23331530.15454939509286
4.8-6.040.21841720.16745552572496
6.04-42.930.22471710.1645493566494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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