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- PDB-1xpi: Crystal structure of the catalytic domain of E. coli pseudouridin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpi
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of E. coli pseudouridine synthase RluC
要素Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
キーワードLYASE / PSEUDOURIDINE SYNTHASE / RLUC / CATALYTIC DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine955/2504/2580 synthase / 23S rRNA pseudouridine(955/2504/2580) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / : / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / S4 RNA-binding domain profile. ...Pseudouridine synthase, RluC/RluD / Pseudouridine synthase, RluA-like, conserved site / Rlu family of pseudouridine synthase signature. / : / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Del Campo, M. / Ofengand, J. / Fenna, R. / Malhotra, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Possible RNA binding domains of RluC and RluD
著者: Del Campo, M. / Ofengand, J. / Fenna, R. / Malhotra, A.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3227
ポリマ－52,0222
非ポリマー3005
水3,027168
1
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1914
ポリマ－26,0111
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1313
ポリマ－26,0111
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
ヘテロ分子

A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,64414
ポリマ－104,0434
非ポリマー60110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.307, 97.307, 86.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a monomer from the two molecules in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase


分子量: 26010.869 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 89-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rluC / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AA39, pseudouridylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Bicine, sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 24381 / Num. obs: 24381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V9K (molecule A)

1v9k


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.735 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25372 1242 5.1 %RANDOM
Rwork0.18462 ---
obs0.18805 23094 99.94 %-
all-24336 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3608 0 20 168 3796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0213685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.9674956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3765455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19422.229175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22215662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9381544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22444
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3111.52374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06123626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17631470
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8884.51330
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 78 -
Rwork0.189 1696 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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