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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xpi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of E. coli pseudouridine synthase RluC | ||||||
要素 | Ribosomal large subunit pseudouridine synthase C | ||||||
キーワード | LYASE / PSEUDOURIDINE SYNTHASE / RLUC / CATALYTIC DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA pseudouridine955/2504/2580 synthase / 23S rRNA pseudouridine(955/2504/2580) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Del Campo, M. / Ofengand, J. / Fenna, R. / Malhotra, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Possible RNA binding domains of RluC and RluD 著者: Del Campo, M. / Ofengand, J. / Fenna, R. / Malhotra, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xpi.cif.gz | 105.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xpi.ent.gz | 81.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xpi_validation.pdf.gz | 450.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xpi_full_validation.pdf.gz | 456.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xpi_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xpi_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/1xpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/1xpi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1v9kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer from the two molecules in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26010.869 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 89-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rluC / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AA39, pseudouridylate synthase #2: 化合物 | ChemComp-ACY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Bicine, sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 24381 / Num. obs: 24381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V9K (molecule A) 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.735 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.656 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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