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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xo7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cyclophilin from Trypanosoma cruzi | ||||||
![]() | cyclophilin | ||||||
![]() | ISOMERASE / cyclophilin / rotamase / proline / cis-trans / trypanosoma / cruzi / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / STRUCTURAL GENOMICS OF PATHOGENIC PROTOZOA CONSORTIUM / SGPP | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caruthers, J.M. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of cyclophilin from Trypanosoma cruzi 著者: Caruthers, J.M. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN ANY REFERENCE SEQUENCE DATABASE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dywS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | putative monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18057.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: BG1861 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Ammonium Phosphate monobasic, Sodium Acetate, PEG8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 25K, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月24日 / 詳細: custom |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→56.8 Å / Num. all: 80854 / Num. obs: 80854 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 89.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DYW.pdb 解像度: 1.61→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.492 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.335 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→56.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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