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- PDB-1xo2: Crystal structure of a human cyclin-dependent kinase 6 complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xo2
タイトルCrystal structure of a human cyclin-dependent kinase 6 complex with a flavonol inhibitor, fisetin
要素
  • Cell division protein kinase 6
  • Cyclin
キーワードCELL CYCLE/TRANSFERASE / human cyclin-dependent kinase 6 / fisetin / CELL CYCLE-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / lateral ventricle development ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / regulation of cell motility / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Notch signaling pathway / cyclin binding / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / Cyclin-dependent kinase 6 / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal ...Cyclin domain, herpesvirus / Herpesviridae viral cyclin / Cyclin, herpesvirus / Cyclin-dependent kinase 6 / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / Cyclin-dependent kinase 6 / Cyclin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saimiriine herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lu, H.S. / Chang, D.J. / Baratte, B. / Meijer, L. / Schulze-Gahmen, U.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Human Cyclin-Dependent Kinase 6 Complex with a Flavonol Inhibitor, Fisetin.
著者: Lu, H.S. / Chang, D.J. / Baratte, B. / Meijer, L. / Schulze-Gahmen, U.
履歴
登録2004年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin
B: Cell division protein kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0183
ポリマ－63,7322
非ポリマー2861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.162, 66.162, 448.596
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Cyclin / V-cyclin


分子量: 28665.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saimiriine herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: 72, ECLF2 / プラスミド: pFASTBacHTa / 細胞株 (発現宿主): sf-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01043
#2: タンパク質 Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 35066.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6 / プラスミド: pFASTBac1 / 細胞株 (発現宿主): sf-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00534, EC: 2.7.1.37
#3: 化合物 ChemComp-FSE / 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / Fisetin / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,7-DIHYDROXY-4H-CHROMEN-4-ONE / フィセチン


分子量: 286.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14353 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 8.16 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1154 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JOW

1jow


解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 952 7.5 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs-12984 91.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4151 0 21 0 4172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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