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- PDB-1xml: Structure of human Dcps -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xml
タイトルStructure of human Dcps
要素heat shock-like protein 1
キーワードCHAPERONE / scavenger Decapping Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body ...mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, N. / Song, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
著者: Chen, N. / Walsh, M.A. / Liu, Y. / Parker, R. / Song, H.
履歴
登録2004年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: heat shock-like protein 1
A: heat shock-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4104
ポリマ－78,2212
非ポリマー1902
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area28180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.922, 103.863, 71.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-728-

HOH

詳細Functional unit is dimer. There is one functional unit in the assymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 heat shock-like protein 1 / DcpS


分子量: 39110.270 Da / 分子数: 2 / 変異: L206M, L317M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6p-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 30138167, UniProt: Q96C86*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: KH2PO4, NaCl, PEG3350, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE DIP100 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→72.5 Å / Num. all: 51672 / Num. obs: 51155 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.964 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25259 2525 4.9 %RANDOM
Rwork0.2195 ---
all0.221 48906 --
obs0.22108 48906 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4713 0 10 454 5177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.9596548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.775310253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8715560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.25285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5881.52836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14524607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62431994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7514.51941
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 187
Rwork0.249 3415
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0470.08670.22540.7406-0.10830.42760.03290.1235-0.1127-0.0719-0.0337-0.008-0.00350.05130.00080.17230.00650.01040.1393-0.00140.12689.184238.257425.0771
21.4458-0.53880.41260.9295-0.44030.37720.05720.0051-0.1219-0.06020.08370.10.0741-0.0213-0.14080.1534-0.00280.00220.15570.03420.146321.019521.437243.5829
31.35091.3112-1.45793.8497-3.31473.8825-0.03030.02350.1217-0.09990.26790.3145-0.0377-0.1842-0.23760.18330.0107-0.00760.20160.02250.008822.12019.097210.0323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB146 - 336151 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2BA146 - 336151 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3AB38 - 14543 - 150
4X-RAY DIFFRACTION3BA40 - 14545 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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