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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xkn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Putative Peptidyl-arginine Deiminase from Chlorobium tepidum, NESG Target CtR21 | ||||||
要素 | putative peptidyl-arginine deiminase | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / alpha-beta protein / NESG / Protein Structure Initiative / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | putrescine biosynthetic process / Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chlorobium tepidum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Befeler, A.R. / Vorobiev, S.M. / Hussain, M. / Ciano, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Putative Peptidyl-arginine Deiminase from Chlorobium tepidum, NESG Target CtR21 著者: Forouhar, F. / Befeler, A.R. / Vorobiev, S.M. / Hussain, M. / Ciano, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xkn.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xkn.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xkn_validation.pdf.gz | 368.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xkn_full_validation.pdf.gz | 372.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xkn_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xkn_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xkn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40681.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (バクテリア) / 生物種: Chlorobaculum tepidum / 株: TLS / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8KCB6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM Na3Citrate (pH 5.6), 18% PEG8K, 50 mM KH2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→29.62 Å / Num. all: 84665 / Num. obs: 83239 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.75 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 8855 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 152451.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.8357 Å2 / ksol: 0.309323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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