PDB-1xjt: Crystal structure of active form of P1 phage endolysin Lyz

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xjt

タイトル

Crystal structure of active form of P1 phage endolysin Lyz

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / open conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Arockiasamy, A. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
著者: Xu, M. / Arulandu, A. / Struck, D.K. / Swanson, S. / Sacchettini, J.C. / Young, R.

履歴

登録	2004年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xjt.cif.gz	48.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xjt.ent.gz	38.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xjt_validation.pdf.gz	389.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xjt_full_validation.pdf.gz	392.6 KB	表示
XML形式データ	1xjt_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	1xjt_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xjuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c89-4 2c8d-3 2c8a-3 1ts4-2 2c8a-4 4eks-1 2c89-2 1r4b-1 1nqn-d 2c8g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (3) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (4) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.871, 66.871, 166.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-376- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin / Protein gp17 分子量: 21487.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 属: P1-like viruses / 遺伝子: 17, LYSA, lyZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)slyD-, B834(DE3) / 参照: UniProt: Q37875, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: PEG400, Sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.979316, 0.97945, 0.953
シンクロトロン	APS	14-BM-C	2	0.9

検出器

タイプ	ID	検出器
CUSTOM-MADE	1	CCD
ADSC QUANTUM 4	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979316	1
2	0.97945	1
3	0.953	1
4	0.9	1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 22274 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.026

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.75-1.81	10.5	0.406	2053	0.552	91
1.81-1.89	14.5	0.346	2095	0.612	94.1
1.89-1.97	16.4	0.256	2152	0.69	94.8
1.97-2.07	17.2	0.2	2175	0.788	96.1
2.07-2.2	18	0.14	2201	0.853	96.7
2.2-2.38	18.9	0.105	2223	0.875	97
2.38-2.61	19.3	0.081	2253	0.937	97.9
2.61-2.99	19.7	0.063	2294	1.073	98.2
2.99-3.77	19.7	0.053	2338	1.479	98.4
3.77-50	18.6	0.051	2490	1.816	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.501	データ抽出
Adxv		data processing
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.985 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1149	5.2 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.209	22274	-	-
obs	0.209	22274	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.41 Å²	-0.71 Å²	0 Å²
2-	-	-1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1365	0	26	149	1540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	1416	0.022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	1265	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.485	1914	1.94
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.797	2936	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.789	177	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.233	65	23.692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.006	240	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.051	13	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	202	0.2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	1598	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	283	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	349	0.3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	1373	0.3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	789	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	169	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.056	2	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.121	10	0.3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	32	0.3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.303	17	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.179	1	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.787	1036	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.179	371	1.5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.013	1399	2
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.941	596	3
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.694	515	4.5

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	86
R_work	0.239	1393

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5373	-0.6208	0.0562	3.7753	-1.351	3.2705	-0.1758	0.506	1.9134	0.3467	0.254	0.3842	-0.8713	-0.4398	-0.0782	0.0483	0.0236	-0.0537	-0.0362	0.2531	0.2761	-23.173	38.006	5.158
2	8.2975	2.7917	-1.2135	3.3408	-0.8611	2.2666	-0.0747	-0.3508	0.3992	0.3886	-0.0472	-0.026	-0.1913	0.2076	0.1219	-0.1181	-0.0213	-0.0673	-0.195	0.0774	-0.242	-10.898	25.306	14.001

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	9 - 97	9 - 97
2	2	98 - 186	98 - 186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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