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- PDB-1xjr: The Structure of a Rigorously Conserved RNA Element Within the SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xjr
タイトルThe Structure of a Rigorously Conserved RNA Element Within the SARS Virus Genome
要素s2m RNA
キーワードRNA / GNRA / 530-like loop / s2m / stem-loop / purine bulge / SARS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Robertson, M.P. / Igel, H. / Baertsch, R. / Haussler, D. / Ares Jr., M. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2005
タイトル: The structure of a rigorously conserved RNA element within the SARS virus genome
著者: Robertson, M.P. / Igel, H. / Baertsch, R. / Haussler, D. / Ares Jr., M. / Scott, W.G.
履歴
登録2004年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: s2m RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4843
ポリマ－15,4351
非ポリマー492
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.218, 93.218, 128.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 s2m RNA


分子量: 15435.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcription from T7 RNA polymerase and DNA template
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.5 mg/ml s2m RNA in 30 mM Tris, pH 7.6, 100 mM NaCl and 60 mM MgCl2 and 50 mM MES, pH 5.6, 100 mM Mg(OAc)-2 and 20% MPD , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris11
2NaCl11
3MgCl211
4MES11
5Mg(OAc)-211
6MPD11
7NaCl12
8MgCl212
9MES12
10MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→80.85 Å / Num. all: 9554 / Num. obs: 9497 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -999 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 1352 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→80.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 16.978 / SU ML: 0.155 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.238
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24326 943 10 %RANDOM
Rwork0.23136 ---
all0.2325 8516 --
obs0.2325 8516 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.238 Å0.316 Å
Luzzati sigma a-0.155 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→80.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1024 12 1 1037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.92431806
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2770.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.240
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.27
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07531672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7574.51802
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 72 -
Rwork0.41 614 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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