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- PDB-1xjd: Crystal Structure of PKC-theta complexed with Staurosporine at 2A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xjd
タイトルCrystal Structure of PKC-theta complexed with Staurosporine at 2A resolution
要素Protein kinase C, theta type
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PKC-theta / ATP / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T-helper 2 cell activation / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...positive regulation of T-helper 2 cell activation / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 17 type immune response / aggresome / positive regulation of interleukin-4 production / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of interleukin-17 production / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / membrane protein ectodomain proteolysis / immunological synapse / centriolar satellite / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cell chemotaxis / regulation of cell growth / axon guidance / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / FCERI mediated NF-kB activation / G alpha (z) signalling events / RAS processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein kinase activity / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAUROSPORINE / Protein kinase C theta type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, Z.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Catalytic domain crystal structure of protein kinase C-theta (PKCtheta)
著者: Xu, Z.B. / Chaudhary, D. / Olland, S. / Wolfrom, S. / Czerwinski, R. / Malakian, K. / Lin, L. / Stahl, M.L. / Joseph-McCarthy, D. / Benander, C. / Fitz, L. / Greco, R. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C, theta type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2892
ポリマ－40,8221
非ポリマー4671
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.566, 42.400, 67.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C, theta type / PKC-theta / nPKC-theta


分子量: 40822.016 Da / 分子数: 1
断片: residues 362-706: includes Protein Kinase Domain (residues 380-634)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE CAN BE FOUND NATURALLY IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
遺伝子: PKC / プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q04759, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 40mM DTT, 0.1M bis-tris, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月17日
放射モノクロメーター: yes / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 24428 / Num. obs: 23134 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.33 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.11 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 63.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1STC

1stc


解像度: 2→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 144989.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 818 4 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 20257 83.2 %-
all-24317 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.8563 Å2 / ksol: 0.432303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.51 Å20 Å2-3.43 Å2
2--4.82 Å20 Å2
3----0.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 35 115 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.239 2008 -
obs--50 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4STU.PARAMSTU.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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