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万見
- PDB-1xiu: Crystal structure of the agonist-bound ligand-binding domain of B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xiu
タイトルCrystal structure of the agonist-bound ligand-binding domain of Biomphalaria glabrata RXR
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • RXR-like protein
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / Nuclear Receptor / Protein-Ligand complex / Retinoid Receptor / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine ...retinal binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Retinoic acid receptor RXR
類似検索 - 構成要素
生物種Biomphalaria glabrata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者De Groot, A. / De Rosny, E. / Juillan-Binard, C. / Ferrer, J.-L. / Laudet, V. / Pebay-Peroula, E. / Fontecilla-Camps, J.-C. / Borel, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Novel Tetrameric Complex of Agonist-bound Ligand-binding Domain of Biomphalaria glabrata Retinoid X Receptor.
著者: de Groot, A. / de Rosny, E. / Juillan-Binard, C. / Ferrer, J.-L. / Laudet, V. / Pierce, R.J. / Pebay-Peyroula, E. / Fontecilla-Camps, J.-C. / Borel, F.
履歴
登録2004年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32016年11月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RXR-like protein
B: RXR-like protein
E: Nuclear receptor coactivator 1
F: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9556
ポリマ－55,3544
非ポリマー6012
水84747
1
A: RXR-like protein
B: RXR-like protein
E: Nuclear receptor coactivator 1
F: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: RXR-like protein
B: RXR-like protein
E: Nuclear receptor coactivator 1
F: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,91012
ポリマ－110,7088
非ポリマー1,2024
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)87.100, 87.100, 320.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -x+1+y,y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 RXR-like protein / retinoid X receptor ligand-binding domain / 9-cis retinoic acid


分子量: 25901.029 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding domain (LBD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Biomphalaria glabrata (無脊椎動物)
遺伝子: RXR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: GenBank: 19386469, UniProt: Q8T5C6*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator-1 / SRC-1 / RIP160 / Hin-2 protein


分子量: 1776.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is derived from human SRC-1 coactivator.
参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, sodium formate, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 25831 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.98 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FBY

1fby


解像度: 2.5→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 17.471 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24332 1292 5 %RANDOM
Rwork0.19326 ---
obs0.1958 24538 100 %-
all-24537 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å21.03 Å20 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3----3.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3691 0 44 47 3782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0223803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5891.9975140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1495463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31324.012162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.76715695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.6671525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.22646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41.52396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3123746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.82431566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9744.51394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 91 -
Rwork0.257 1729 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.2564 Å / Origin y: 51.2523 Å / Origin z: 84.2538 Å
111213212223313233
T-0.0673 Å2-0.0593 Å2-0.0093 Å2--0.0092 Å20.0208 Å2---0.0714 Å2
L1.1223 °2-0.4044 °20.3496 °2-0.4323 °2-0.0528 °2--0.4167 °2
S0.0744 Å °-0.0373 Å °0.0817 Å °-0.0047 Å °-0.0847 Å °-0.0332 Å °0.0548 Å °-0.0407 Å °0.0103 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA210 - 4304 - 224
2X-RAY DIFFRACTION1BB210 - 4324 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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