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- PDB-1xi7: NMR structure of the carboxyl-terminal cysteine domain of the VHv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xi7
タイトルNMR structure of the carboxyl-terminal cysteine domain of the VHv1.1 polydnaviral gene product
要素cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1
キーワードVIRAL PROTEIN / cystine knot / antiparallel beta sheet structural scaffold
機能・相同性Cysteine rich domain, Polydnavirus / Viral cysteine rich / Omega-AgatoxinV - #20 / Omega-AgatoxinV / Few Secondary Structures / Irregular / Cysteine rich domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Campoletis sonorensis ichnovirus (ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing protocol using the CNS program
Model type detailsminimized average
データ登録者Einerwold, J. / Jaseja, M. / Hapner, K. / Webb, B. / Copie, V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the carboxyl-terminal cysteine-rich domain of the VHv1.1 polydnaviral gene product: comparison with other cystine knot structural folds
著者: Einerwold, J. / Jaseja, M. / Hapner, K. / Webb, B. / Copie, V.
履歴
登録2004年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5211
ポリマ－6,5211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1AVERAGE STRUCTURE
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1 / VHv1.1 protein


分子量: 6521.473 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal cysteine-rich domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campoletis sonorensis ichnovirus (ウイルス)
属: Ichnovirus / 遺伝子: pVX900 clone / プラスミド: pET-32b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89632
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D proton NMR techniques

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試料調製

詳細内容: 1mM C-term VHv1.1, 25mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 1mM EDTA, 0.01% sodium azide
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM NaCl 5.7ambient 310 K
2100mM NaCl 5.7ambient 315 K
3100mM NaCl 5ambient 305 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Inc.データ解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing protocol using the CNS program
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AVERAGE STRUCTURE / 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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