PDB-1xj1: 3D solution structure of the C-terminal cysteine-rich domain of t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xj1

タイトル

3D solution structure of the C-terminal cysteine-rich domain of the VHv1.1 polydnaviral gene product

要素

cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1

キーワード

VIRAL PROTEIN / polydnavirus / cystine knot / cys-motif / beta-sheet structure / disulfide bonding patterns

機能・相同性

Cysteine rich domain, Polydnavirus / Viral cysteine rich / Omega-AgatoxinV - #20 / Omega-AgatoxinV / Few Secondary Structures / Irregular / Cysteine rich domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Campoletis sonorensis ichnovirus (ウイルス)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing protocols using CNS

データ登録者

Einerwold, J. / Jaseja, J. / Hapner, K. / Webb, B. / Copie, V.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the carboxyl-terminal cysteine-rich domain of the VHv1.1 polydnaviral gene product: comparison with other cystine knot structural folds
著者: Einerwold, J. / Jaseja, J. / Hapner, K. / Webb, B. / Copie, V.

履歴

登録	2004年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年8月10日	Group: Source and taxonomy
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xj1.cif.gz	348.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xj1.ent.gz	288.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xi7C 1x17 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ie2-d 6yse-d 4b2k-d 2vx9-d 2cc8-d 1mog-d 3c57-2 4b2j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1

6.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 25	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #17	lowest energy

#1: タンパク質	cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1 / VHv1.1 protein 分子量: 6521.473 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal cys-motif / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campoletis sonorensis ichnovirus (ウイルス) 属: Ichnovirus / 遺伝子: pVX900 / プラスミド: pET-32b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89632
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

cysteine-rich omega-conotoxin homolog VHv1.1 / VHv1.1 protein

分子量: 6521.473 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal cys-motif / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campoletis sonorensis ichnovirus (ウイルス)
属: Ichnovirus / 遺伝子: pVX900 / プラスミド: pET-32b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89632

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This ensemble of NMR structures was determined using standard 2D 1H homonuclear NMR techniques

-
試料調製

詳細

内容: 1mM C-term VHv1.1, 25mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 1mM EDTA, 0.01% sodium azide
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	100mM NaCl	5.7	ambient	315 K
2	100mM NaCl	5.7	ambient	310 K
3	100mM NaCl	5	ambient	305 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
CNS	1	Brunger	構造決定
CNS	1	Brunger	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing protocols using CNS
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 280 NOE-derived interproton distance constraints, 24 distance restraints from 12 hydrogen bonds

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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