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- PDB-1xi1: Phi29 DNA polymerase ssDNA complex, monoclinic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xi1
タイトルPhi29 DNA polymerase ssDNA complex, monoclinic crystal form
要素
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / protein-primed / strand displacement / processivity / replication / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / viral DNA genome replication / exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TPR 1 domain of DNA polymerase / TPR 1 domain of DNA polymerase / DNA polymerase; domain 5 / DNA-directed DNA polymerase, family B, mitochondria/virus / DNA-directed DNA polymerase, family B, phi29-like virus / DNA polymerase type B, organellar and viral / DNA polymerase; domain 6 / Rhinovirus 14, subunit 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase ...TPR 1 domain of DNA polymerase / TPR 1 domain of DNA polymerase / DNA polymerase; domain 5 / DNA-directed DNA polymerase, family B, mitochondria/virus / DNA-directed DNA polymerase, family B, phi29-like virus / DNA polymerase type B, organellar and viral / DNA polymerase; domain 6 / Rhinovirus 14, subunit 4 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Wang, J. / Lazaro, J.M. / de Vega, M. / Blanco, L. / Salas, M. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Correction of X-ray intensities from single crystals containing lattice-translocation defects
著者: Wang, J. / Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Correction of X-ray intensities from single crystals containing lattice translocation defects
著者: Wang, J. / Kamtekar, S. / Berman, A.J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2004年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月22日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4426
ポリマ－136,3944
非ポリマー492
水4,234235
1
C: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2213
ポリマ－68,1972
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
2
D: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2213
ポリマ－68,1972
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.557, 170.563, 68.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 1476.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA polymerase / Early protein GP2


分子量: 66720.914 Da / 分子数: 2 / Mutation: D12A D66A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 属: Phi29-like viruses / 遺伝子: 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03680, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Magnesium acetate, Tris-HCl, salt, ammonium sulfate, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium acetate11
2Tris-HCl11
3salt11
4ammonium sulfate11
5PEG 800011
6Magnesium acetate12
7Tris-HCl12
8salt12
9ammonium sulfate12
10PEG 800012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 66719 / Num. obs: 66719 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→19.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1729277.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 6490 9.7 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.243 66719 --
obs0.243 66719 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.7282 Å2 / ksol: 0.354766 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.92 Å20 Å212.3 Å2
2---12.07 Å20 Å2
3----8.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9336 120 2 235 9693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.572.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 1062 10.1 %
Rwork0.423 9495 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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