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- PDB-1xhp: Solution Structure of the Extended U6 ISL as Observed in the U2/U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhp
タイトルSolution Structure of the Extended U6 ISL as Observed in the U2/U6 complex from Saccharomyces cerevisiae
要素U6 snRNA
キーワードRNA / U6 RNA / RNA stem-loop / penta-loop / internal bulge / metal binding site
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics, residual dipolar couplings, conformational database potentials
データ登録者Sashital, D.G. / Cornilescu, G. / Butcher, S.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: U2-U6 RNA folding reveals a group II intron-like domain and a four-helix junction
著者: Sashital, D.G. / Cornilescu, G. / McManus, C.J. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2401
ポリマ－10,2401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 10240.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcription of U6 nucleotides 59-88 using purified T7 RNA polymerase and synthetic DNA oligonucleotides.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
2322D TOCSY
2443D 13C-separated NOESY
2543D [1H-13C-1H] (H)CCH-TOCSY
4643D [1H-13C-1H] (H)CCH -COSY
3732D [15N-1H] HNN-COSY
285J-MODULATED [13C-1H] CT-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM extended U6 ISL RNA; 90% H2O; 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM extended U6 ISL RNA; 99.99% D2O99.99% D2O
31mM 13C,15N labeled extended U6 ISL RNA; 90% H2O; 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM 13C,15N labeled extended U6 ISL RNA; 99.99% D2O99.99% D2O
51mM 13C,15N labeled extended U6 ISL RNA; 17 mg/ml pf1 bacteriophage; 90% H2O; 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
16.9283 K
27.5303 K
36.9298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker解析
VNMR1.1Varian解析
NMRPipe97.027.12.56Bax解析
Sparky3.105Goddard and Knellerデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
XPLOR-NIH2.9.7Clore, Kuszewski, Schwieters, Tjandra構造決定
XPLOR-NIH2.9.7精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics, residual dipolar couplings, conformational database potentials
ソフトェア番号: 1
詳細: 435 NOE distance constraints, 244 dihedral angle restraints, 66 hydrogen bond restraints, 77 residual dipolar couplings
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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