PDB-1xhd: X-ray crystal structure of putative acetyltransferase, product of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xhd

タイトル

X-ray crystal structure of putative acetyltransferase, product of BC4754 gene [Bacillus cereus]

要素

putative acetyltransferase/acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / protein structure initiative / Medwest Center for Structural Genomics / MCSG / Macyltransferase / PSI / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative acetyltransferase, product of BC4754 gene from Bacillus cereus.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2004年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xhd.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xhd.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xhd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/1xhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/1xhd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3p1g-d 2fko-d 3uyx-1 1v67-d 1p2x-d 1v3w-d 3uyw-1 5lc3-2 4iou-2 1xax-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC26171

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: putative acetyltransferase/acyltransferase

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: putative acetyltransferase/acyltransferase

ヘテロ分子

A: putative acetyltransferase/acyltransferase

ヘテロ分子

A: putative acetyltransferase/acyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.093, 142.093, 142.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- HOH
2	1	A-208- HOH

詳細

the biological assembly unknown

#1: タンパク質	putative acetyltransferase/acyltransferase 分子量: 19277.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: BC4754 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3]pMAGIC / 参照: UniProt: Q816R4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PHOSPHATE CITRATE, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979295 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月16日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979295 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 37577 / Num. obs: 37525 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 41.5 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 48.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 2401 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / SU B: 1.098 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1632	1873	-	random
R_work	0.15243	-	-	-
obs	0.15298	37517	99.82 %	-
all	-	37517	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.555 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1335	0	5	130	1470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.962	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.902	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.756	1.5	874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.471	2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.808	3	536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.852	4.5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数
R_free	0.1632	127
R_work	0.15243	2694
obs	-	2694

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.5637 Å / Origin y: 26.0727 Å / Origin z: 98.1143 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0178 Å²	-0.0157 Å²	-0.0071 Å²	-	0.0258 Å²	-0.0021 Å²	-	-	0.0087 Å²
L	0.7526 °²	0.0448 °²	-0.0392 °²	-	0.5402 °²	-0.1429 °²	-	-	0.3136 °²
S	-0.0434 Å °	-0.0809 Å °	-0.0052 Å °	0.0309 Å °	-0.0206 Å °	-0.0174 Å °	-0.0444 Å °	0.0451 Å °	0.0641 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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