PDB-1xgc: ALPHA CONOTOXIN GI: 2-3;7-13 DISULFIDE BOND ISOMER, NMR, 25 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xgc

タイトル

ALPHA CONOTOXIN GI: 2-3;7-13 DISULFIDE BOND ISOMER, NMR, 25 STRUCTURES

要素

ALPHA-CONOTOXIN GI

キーワード

NEUROTOXIN / ALPHA-CONOTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTO DISULFIDE BOND ISOMERS

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin GI

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Gehrmann, J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure determination of the three disulfide bond isomers of alpha-conotoxin GI: a model for the role of disulfide bonds in structural stability.
著者: Gehrmann, J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.

履歴

登録	1998年1月18日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xgc.cif.gz	82.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xgc.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/1xgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xgaC 1xgbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pen-d 1not-d 1akg-d 6tvj-d 6beu-d 1nkf-d 1gm2-d 1mxn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-CONOTOXIN GI

1.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	50 LOWEST ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	ALPHA-CONOTOXIN GI 分子量: 1442.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SYNTHESISED BY SOLID PHASE PEPTIDE CHEMISTRY, USING SELECTIVE DISULFIDE BOND FORMATION 参照: UniProt: P01519
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	HMQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 300MS NOESY EXPERIMENTS ON A 5MM SAMPLE OF GI(2-3;7-13).

-
試料調製

詳細	内容: 30%CD3OH, 60%H2O, 10%D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: 1 ATMOSPHERE / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE750 / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE750 / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 50 LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)