PDB-1xfi: X-ray structure of gene product from Arabidopsis thaliana At2g17340

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xfi

タイトル

X-ray structure of gene product from Arabidopsis thaliana At2g17340

要素

unknown protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT2G17340 / Center for Eukaryotic Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

pantothenate kinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / coenzyme A biosynthetic process / hydrolase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The structure at 1.7 A resolution of the protein product of the At2g17340 gene from Arabidopsis thaliana.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2004年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	2qd1-3 1civ-d 2q40-d 4gjb-1 5ybh-1 2a3e-2 2zc5-1 2y0a-d 2bi0-d 5wcx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.8195

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: unknown protein

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.174, 43.280, 52.644
Angle α, β, γ (deg.)	74.57, 74.60, 84.04
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	unknown protein 分子量: 40856.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At2g17340 / Plasmid details: pQE derivative / プラスミド: pVP13-GW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta, B834-DE3 pLacI+RARE / 参照: UniProt: Q949P3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 0.100M HEPPS, 0.020M MAGNESIUM CHLORIDE, 22 PERCENT PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-BM	1	0.96411
シンクロトロン	APS	14-ID-B	2	0.9793, 0.9789, 0.9637

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
APS-1	1	CCD	2004年8月1日	Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2004年8月9日	Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled, sagitally focusing 2nd crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Diamond (111) double-crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96411	1
2	0.9793	1
3	0.9789	1
4	0.9637	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35346 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 23.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	3.9	0.277	5.23	1638	1.107	89.5
1.73-1.76	3.9	0.258	5.23	1692	1.045	93.3
1.76-1.79	3.9	0.23	5.23	1715	1.076	95.4
1.79-1.83	3.9	0.196	5.23	1772	1.052	96.1
1.83-1.87	3.9	0.16	5.23	1771	1.04	96.4
1.87-1.91	3.9	0.123	5.23	1770	0.986	96.9
1.91-1.96	3.9	0.101	5.23	1733	0.978	97.1
1.96-2.02	3.9	0.082	5.23	1791	0.968	97.2
2.02-2.07	3.9	0.072	5.23	1775	1.049	97.2
2.07-2.14	3.9	0.059	5.23	1767	0.989	97.2
2.14-2.22	3.9	0.051	5.23	1773	1.098	97.6
2.22-2.31	3.9	0.044	5.23	1776	1.106	97.7
2.31-2.41	3.9	0.042	5.23	1789	1.177	98
2.41-2.54	3.9	0.038	5.23	1797	1.244	98
2.54-2.7	3.9	0.034	5.23	1810	1.254	98.4
2.7-2.91	3.9	0.032	5.23	1766	1.03	98.5
2.91-3.2	3.9	0.029	5.23	1788	1.035	98.8
3.2-3.66	3.9	0.029	5.23	1836	1.075	99
3.66-4.61	3.9	0.031	5.23	1780	0.88	99.2
4.61-50	3.9	0.037	5.23	1807	0.91	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.49 Å / D res low: 24.64 Å / FOM : 0.708 / FOM acentric: 0.708 / FOM centric: 0 / 反射: 22348

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / R kraut centric: 0 / 最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 24.64 Å / FOM centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0

ID	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Power (kW)	Power acentric
f_peak	0.962	0.962	0.024	0.024	0.126	0.126	6.948	6.948	0.576	0.576
f_peak_FRIED	0.658	0.658	0.023	0.023	0.37	0.37	7.651	7.651	1.732	1.732
f_edge	0.594	0.594	0.014	0.014	0.388	0.388	4.974	4.974	1.971	1.971
f_edge_FRIED	0.539	0.539	0.014	0.014	0.424	0.424	5.122	5.122	2.301	2.301
f_hrem_FRIED	0.631	0.631	0.014	0.014	0.333	0.333	4.76	4.76	1.806	1.806

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	Atom type	F double prime refined	F prime refined
1	2	1	0.9793	SE	7.66	-3.94
1	2	2	0.9789	SE	2.75	-8.59
1	2	3	0.9637	SE	3.36	-2

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / R kraut centric: 0 / FOM centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis	R cullis acentric	R kraut	R kraut acentric	FOM	FOM acentric	Loc	Loc acentric	Power (kW)	Power acentric
f_peak	4.97-24.64	0.879	0.879	0.021	0.021	0.176	0.176	7.834	7.834	0.87	0.87
f_peak	3.95-4.97	0.957	0.957	0.018	0.018	0.145	0.145	7.871	7.871	0.65	0.65
f_peak	3.45-3.95	0.983	0.983	0.02	0.02	0.137	0.137	7.677	7.677	0.552	0.552
f_peak	3.14-3.45	0.991	0.991	0.022	0.022	0.125	0.125	6.97	6.97	0.493	0.493
f_peak	2.91-3.14	1.002	1.002	0.028	0.028	0.114	0.114	6.834	6.834	0.443	0.443
f_peak	2.74-2.91	0.986	0.986	0.03	0.03	0.111	0.111	6.336	6.336	0.434	0.434
f_peak	2.6-2.74	0.98	0.98	0.033	0.033	0.104	0.104	6.068	6.068	0.409	0.409
f_peak	2.49-2.6	0.955	0.955	0.037	0.037	0.098	0.098	5.927	5.927	0.378	0.378
f_peak_FRIED	4.97-24.64	0.569	0.569	0.023	0.023	0.396	0.396	9.132	9.132	2.156	2.156
f_peak_FRIED	3.95-4.97	0.651	0.651	0.019	0.019	0.367	0.367	9.065	9.065	1.778	1.778
f_peak_FRIED	3.45-3.95	0.692	0.692	0.02	0.02	0.37	0.37	8.696	8.696	1.645	1.645
f_peak_FRIED	3.14-3.45	0.679	0.679	0.021	0.021	0.377	0.377	7.557	7.557	1.618	1.618
f_peak_FRIED	2.91-3.14	0.706	0.706	0.027	0.027	0.36	0.36	7.444	7.444	1.535	1.535
f_peak_FRIED	2.74-2.91	0.683	0.683	0.028	0.028	0.373	0.373	6.789	6.789	1.592	1.592
f_peak_FRIED	2.6-2.74	0.691	0.691	0.03	0.03	0.36	0.36	6.353	6.353	1.595	1.595
f_peak_FRIED	2.49-2.6	0.686	0.686	0.032	0.032	0.355	0.355	6.109	6.109	1.555	1.555
f_edge	4.97-24.64	0.508	0.508	0.013	0.013	0.419	0.419	5.578	5.578	2.432	2.432
f_edge	3.95-4.97	0.562	0.562	0.01	0.01	0.412	0.412	5.59	5.59	2.061	2.061
f_edge	3.45-3.95	0.585	0.585	0.011	0.011	0.417	0.417	5.285	5.285	1.979	1.979
f_edge	3.14-3.45	0.621	0.621	0.014	0.014	0.387	0.387	5.082	5.082	1.792	1.792
f_edge	2.91-3.14	0.615	0.615	0.016	0.016	0.391	0.391	4.678	4.678	1.867	1.867
f_edge	2.74-2.91	0.637	0.637	0.018	0.018	0.38	0.38	4.522	4.522	1.847	1.847
f_edge	2.6-2.74	0.674	0.674	0.021	0.021	0.354	0.354	4.55	4.55	1.742	1.742
f_edge	2.49-2.6	0.692	0.692	0.022	0.022	0.338	0.338	4.464	4.464	1.685	1.685
f_edge_FRIED	4.97-24.64	0.455	0.455	0.013	0.013	0.454	0.454	5.787	5.787	2.843	2.843
f_edge_FRIED	3.95-4.97	0.508	0.508	0.01	0.01	0.447	0.447	5.709	5.709	2.431	2.431
f_edge_FRIED	3.45-3.95	0.526	0.526	0.011	0.011	0.453	0.453	5.369	5.369	2.346	2.346
f_edge_FRIED	3.14-3.45	0.567	0.567	0.014	0.014	0.425	0.425	5.235	5.235	2.086	2.086
f_edge_FRIED	2.91-3.14	0.569	0.569	0.017	0.017	0.423	0.423	4.893	4.893	2.134	2.134
f_edge_FRIED	2.74-2.91	0.581	0.581	0.018	0.018	0.413	0.413	4.674	4.674	2.134	2.134
f_edge_FRIED	2.6-2.74	0.612	0.612	0.021	0.021	0.39	0.39	4.641	4.641	2.036	2.036
f_edge_FRIED	2.49-2.6	0.634	0.634	0.024	0.024	0.378	0.378	4.64	4.64	1.934	1.934
f_hrem_FRIED	4.97-24.64	0.563	0.563	0.013	0.013	0.349	0.349	5.751	5.751	2.107	2.107
f_hrem_FRIED	3.95-4.97	0.601	0.601	0.01	0.01	0.338	0.338	5.271	5.271	1.928	1.928
f_hrem_FRIED	3.45-3.95	0.609	0.609	0.01	0.01	0.36	0.36	4.771	4.771	1.93	1.93
f_hrem_FRIED	3.14-3.45	0.619	0.619	0.012	0.012	0.351	0.351	4.42	4.42	1.8	1.8
f_hrem_FRIED	2.91-3.14	0.669	0.669	0.015	0.015	0.335	0.335	4.512	4.512	1.673	1.673
f_hrem_FRIED	2.74-2.91	0.679	0.679	0.018	0.018	0.327	0.327	4.458	4.458	1.62	1.62
f_hrem_FRIED	2.6-2.74	0.704	0.704	0.021	0.021	0.307	0.307	4.406	4.406	1.555	1.555
f_hrem_FRIED	2.49-2.6	0.729	0.729	0.022	0.022	0.294	0.294	4.513	4.513	1.432	1.432

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	32.0686	51.6522	37.5716	SE	14.5826	1
2	36.0203	49.5443	45.1732	SE	15.199	1
3	41.2188	16.5846	35.7758	SE	49.0165	1
4	49.753	45.2291	33.687	SE	45.5464	1
5	22.2406	42.8197	47.7376	SE	73.4848	1

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射
4.97-24.64	0.7362	0.7362	2728
3.95-4.97	0.7265	0.7265	2847
3.45-3.95	0.7481	0.7481	2897
3.14-3.45	0.719	0.719	2847
2.91-3.14	0.703	0.703	2859
2.74-2.91	0.7057	0.7057	2843
2.6-2.74	0.6715	0.6715	2821
2.49-2.6	0.6507	0.6507	2506

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→49.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.24 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 2.801 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2213	1773	5.016 %	RANDOM
R_work	0.1689	-	-	-
all	0.172	-	-	-
obs	0.17156	35346	96.672 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.982 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.003 Å²	-0.961 Å²	-1.107 Å²
2-	-	-1.049 Å²	1.297 Å²
3-	-	-	0.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2734	0	2	357	3093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.981	3771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.623	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.63	24.923	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.51	15	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.869	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.032	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.185	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.979	2	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.324	2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.46	4	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.18	4	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.174	6	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.448	6	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.736	8	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.402	8	3682

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.695-1.739	0.306	118	0.252	2225	2719	86.171
1.739-1.787	0.315	115	0.242	2363	2617	94.689
1.787-1.838	0.281	102	0.232	2364	2561	96.291
1.838-1.895	0.306	109	0.213	2324	2520	96.548
1.895-1.957	0.286	116	0.202	2186	2375	96.926
1.957-2.026	0.264	123	0.188	2163	2348	97.359
2.026-2.102	0.245	111	0.196	2080	2257	97.076
2.102-2.188	0.239	118	0.179	1994	2168	97.417
2.188-2.285	0.261	90	0.167	1928	2064	97.771
2.285-2.396	0.226	92	0.17	1872	2005	97.955
2.396-2.525	0.223	99	0.164	1739	1876	97.974
2.525-2.678	0.22	109	0.167	1654	1791	98.437
2.678-2.862	0.216	72	0.17	1579	1675	98.567
2.862-3.091	0.248	89	0.162	1478	1587	98.74
3.091-3.384	0.231	84	0.154	1305	1406	98.791
3.384-3.781	0.162	67	0.148	1217	1297	98.998
3.781-4.362	0.148	58	0.134	1096	1162	99.312
4.362-5.332	0.158	45	0.138	911	962	99.376
5.332-7.497	0.236	42	0.182	702	747	99.598
7.497-49.386	0.195	14	0.163	393	426	95.54

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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